这期间，他同林彪、江青一伙的破坏进行着持续的斗争。1969年7月，二机部汇报说，林彪下令要把在一线的原子能工厂全部迁到三线。周恩来制止了这个毁灭性的破坏。这年4月，他召集李富春、余秋里、粟裕以及国防工办、国防工业军管小组、冶金部、一枫部、三机部、七机部等部门负责人开会，解决飞机生产方面的质量事故问题，对检验制度的取消提出了批评。1970年2月，他在全国计划会议上指出：“合理的规章制度还是要，废除了不行。那是无政府主义思潮。”3月，他在接见全国计划会议代表时又说：“不是不要规章制度，合理的不能破。”从1969年起，工农业生产状况有所好转。这是周恩来和其他老一辈革命家依靠广大干部群众共同努力、坚持斗争得来的。但是，由于当时“左”的错误加上林彪、江青一伙的干扰破坏，盲目冒进的倾向相当严重。林彪一伙借口备战，提出要“用打仗的观点观察一切，检查一切，落实一切”；宣扬“什么比例不比例，打仗就是比例”，盲目大上军工项目，不断扩大规模，造成工业与农业、轻工业与重工业比例严重失调，1970年固定资产投资又过度膨胀。这年2月全国计划会议提出的第四个五年国民经济计划纲要（草案），于同年9月提交中共九届二中全会讨论，由于林彪、陈伯达等的破坏，也没有讨论成，国民经济出现了日益危险的倾向。

    对于毛泽东发动和领导的这场“文化大革命”，开始时周恩来是不理解的，正如他1967月29日在群众大会上所说，自己也是“老革命遇到新问题”。但不久后，他看到了这是一场灾难。对于这场灾难，他认为硬顶是不行的，必须“因势利导，否则就会被冲垮”。他说：要做“弄潮儿”，“站在潮头上，做旁观人不行，做对立的把你冲垮”。他把个人的生死荣辱置之度外，1966年冬他对一位领导人说：“我不入地狱，谁入地狱；我不入虎穴，谁入虎穴”；他还说过：“我不入苦海谁入苦海。”这些话表明了他当时的沉重心情和辛毅态度。他忍辱负重，在潮头上审时度势，尽力维护党和国家的利益。他的处境非常困难，一方面要使党和国家的正常工作继续进行，另一方面要尽量减少“文化大革命”所造成的损失，要保护大批党内外的干部。他要同林彪、江青一伙坚持斗争，而斗争又必须限于毛泽东能够接受的程度之内。这是一场既艰苦又强韧的战斗，有时候，甚至不得不说一些不想说不愿说的话，做一些不想做不愿做的事。正如邓小平后来谈到周恩来时所说：“在‘文化大革命’时，他所处的地位十分困难，也说了好多违心的话，做了好多违心的事。但人民原谅他。因为他不做这些事，不说这些话，他自己也保不住，也不能在其中起中和作用，起减少损失的作用。他保护了相当一批人。”周恩来维护了党和国家的大局，相当一批干部保存下来了，经济虽然遭到巨大损失，但终于没有崩溃。这一切，都为后来的恢复和发展准备了条件。

    周恩来在“文化大革命”中，常常连续工作十七八甚至二十多小时不得休息，有时连吃饭也顾不上。他曾感慨地对医生说：“‘文革’要让我少活十年。”1967年2月3日，他感到异常不舒服．经医生会诊，发现有了心脏病。他叮嘱秘书保守秘密。这年夏天，他的健康状况显著下降，但仍坚持通宵工作。9月24日，他对邓颖超说：我一到早晨8时左右，精神就不行了，手发抖。到1968年9月，总理办公室被迫撤销，只留下了两个秘书，大量的具体工作都得由70高龄的周恩来亲自动手。人们见他操劳过度，日益消瘦，劝他休息，他总是说：“我是总理，就得什么事也要管啊！管不好怎么向党、向人民交代！”他不能休息。如果他离开岗位，林彪、江青等正是求文不得。正如国外有的作者所说的：“只要他在其位，就可以在处理政府的日常工作中，保持