直接参与对共产党人的迫害。

    4月11日  新疆军阀盛世才将软禁在八户梁的马明方、方志纯、刘护平等35人关进迪化第一监狱（后又转入第二监狱）。马明方当即质问“共产党、八路军坚持抗战有功，何罪之有？！”为了便于对敌斗争，马明方化名马洛夫、马有德，张子意化名刘平、刘生财，方志纯化名王佑、王民生。

    4月12日  马明方看到从铁窗扔进一个纸团（戏称“航空信”）：“登榜已回，有何指示？”后立即写了“加强联系，警惕！”的回条转高登榜。

    5月  结发妻罗氏因病在米脂老家去世，时年仅35岁。

    6月  林伯渠在重庆向国民党当局提出释放包括关在新疆监狱的陈潭秋等爱国志士，以利抗日。

    9月  马明方将战友林基路写的“掷我们的头颅，奠筑自由的金字塔；洒我们的鲜血，染成红旗，万载飘扬！”的《囚徒歌》，指示狱中同志广为传抄传唱，鼓舞士气。

    9月27日  陈潭秋、毛泽民、林基路被秘密杀害。噩耗传到狱中后，战友们万分悲痛，并在狱中党组织领导下举行了追悼会，集体创作了一首《追悼歌》：丧心病狂的败类，暗害了你们宝贵的生命！你们临死不屈的意志，将永远活在千万人的心中！你们的英名，将激励我们向黑暗作英勇的斗争。

    10月  同张子意、方志纯等领导狱中战友，同敌人进行了多次机智的斗争。

    1944年  39岁

    年初   在监狱各狱号之间打通联系后，马明方指示战友，要把报纸作为精神食粮，经常了解国内外形势，明确方向，增强斗志。

    6月5日  中共谈判代表林伯渠代表中共中央向国民党政府提出释放包括新疆监狱的所有中共被捕人员。

    11月  敌人将新疆狱中的中共人员分成男监（第二监狱）和女监（第四监狱）后，以张子意、马明方、方志纯为首的狱中领导核心，把全体同志团结在党的周围，开展了多次反普遍审讯和绝食斗争。

    1945年  40岁

    3月22日  国民党特派新疆“清理积案审判团”将迪化监狱的中共人员移交给新疆国民党警务处后，控制更严，手段更毒辣，动辄严刑拷打，无所不用其极。而狱中同志的斗争方式也多种多样。正如敌警务处长胡国振给吴忠信的报告中所说，中共人员在狱中高唱《国际歌》、《囚徒歌》，集体绝食，借故滋事，已非一次，长此羁押，恐非善策。

    6月9日10日  在延安召开的中国共产党第七次全国代表大会上选出新的中央委员会，陈潭秋当选为中央委员，马明方当选为中央候补委员。

    8月初利用苏联对日宣战的有利时机，马明方同张子意、方志纯等一起，组织难友同监狱长滥施刑罚的罪行，进行了坚决斗争。

    8月中旬  为了抗议敌人惨无人道的刑讯审问，男监全体同志又进行了七天的绝食斗争，终于迫使敌人停止刑讯，允许看报，并改善了一些生活条件。

    9月2日  在重庆谈判中，毛泽东向国民党提出释放包括关在新疆监狱的一切政治犯。

    9月13日  张治中奉命飞往新疆处理伊犁、塔城、阿山三区人民革命起义问题，周恩来和邓颖超特地拜托他查清被盛世才关押的中共人员，并设法释放。

    10月4日  延安《解放日报》发表《要求国民党当局履行“还政于民”的诺言》的社论，明确指出“中共中委陈潭秋、候补中委廖承志、马明方等，依然被监禁着”。国民党要“还政于民”，就应立即取消一切反民主的法令，释放一切政治犯。否则一切好听的诺言，都不过是空洞的遁词。

    10月中旬张治中抵新疆后，立即派迪化市长屈武到女监看望