铁军组织自成立起，即由王靖国直接掌握。对外的公开名称，起初叫整军会。1940年夏，王靖国随阎锡山东渡黄河。后又在太原绥靖公署的整训处增设督训科，由他的亲信王凤山任科长，受王直接领导，专办铁军组织工作。1941年，阎锡山为缓和诸将领对王独揽铁军组织大权的不满情绪，指令杨爱源、孙楚、赵承绶、王靖国、楚溪春、郭宗汾、杨澄源、彭毓斌等组成整军委员会，主管铁军组织工作。于是在王靖国以外的杨爱源等人也都进入了铁军组织，成为二十八人以上的超高层。阎锡山给它取名为特团，以杨爱源为主任特委，其余均为特委。1943年，整军会改为建军会，但不论机构和形式如何变易，都未改变王靖国一人掌握铁军组织的实质，全军人事调遣任免均经铁军组织提出，王靖国权势盛极一时，引起孙楚、赵承绶的不满。

    当然，像王靖国这样的人也是有一定组织能力的。他工于心计，善于揣摸阎锡山的意向，及时提出建议，以便博得阎的器重，如左右手。孙楚、赵承绶不满王的言行，王有所察觉。

    据说他常对身边的心腹这样说：

    “满招损、谦受益，应善于自处处人。孙、赵长于我，我以长者事之。偕行尾后，不敢前趋，受宠不骄，权倾不跋，乃能自全。”

    1941年，阎锡山图谋利用社会秘密组织青洪帮，在敌占区进行活动。并自称为民众同山主，令王靖国化名王梦飞为副山主。

    1943年，阎锡山为加强其军队的建设，命王靖国依据其建军先建连，建连先建组织，建组织先建干部的思想，拟订建军训练方案。同年秋，阎锡山移驻吉县小河畔亲自进行建军试点训练。王靖国以委员兼办公室主任负全面之责。吉县建军至1944年春季结束后，总结经验，并为照顾各军防务，分区就近进行。王靖国又先后到吉县桑峨镇和隍县建军。期间又兼任北区领导组驻区高干，兼管该地区各专区、县组、政、经、教工作。

    1945年4月，阎锡山看到日本的失败已为期不远。为早日准备接收太原，遂由吉县开进，从各部门调集干部千余人，举行“解救训练”。主要目的是培训干部利用青洪帮秘密组织关系，深入敌占区潜滋暗植，建立地下政权。等待日军投降，组织力量迎接阎军。王靖国是洪帮民众山的副山主，受阎命与同志会负责人梁化之，青帮负责人傅存怀和兵农合一负责人薄毓相共同主持这次训练。日本投降后，王靖国奉阎命驻守临汾，相机向解放区扩展政权。1946年1月10日，国共两党签订停战协定。重庆政府陆军总司令何应钦通报阎锡山，暗示山西应在1月13日夜12时停战以前取得有利地位。为打通南同蒲铁路交通线，阎锡山密令王靖国亲自指挥所属第61军及一部分挺进纵队向解放区侯马进攻，限令于13日午夜前攻占侯马车站。王令部队于午夜出动，利用铁路交通便利条件，行动迅速，并有曲沃和新绛阎军的应援，志在必得。不料却遭到八路军有准备的迎头痛击，王部只好退回临汾。

    王靖国在当时出尽了风头，胡宗南曾派人前来密见，传达蒋介石旨意，拟调他到河南负一方重任，征询他的意见。王将此事报告阎锡山，阎即电王速归太原。临汾军事交第61军军长梁培璜负责，并升王为第13集团军副总司令。

    王靖国从此更加为阎锡山卖命。

    这时解放战争已全面展开，临汾至太原的铁路交通线已断，王奉令向太原转进。王靖国以主任的身份亲往寿阳、忻、定等地督征夏粮。事毕，向阎提出组织奋斗团，深入解放区活动。并着重介绍了第49师第1团团长赵俊义发动从解放区逃亡出来的地主富农分子组织起来，配给武器，让他们回乡复仇的经验。阎锡山听了大加赞赏，并经与王靖国等讨论加以完善，成为所谓“自清、自卫、自治”三步骤向解放区