说药师净土，义净译则有七佛净土。如说：「东方去此，过四殑伽河沙佛土，有世界名曰无胜，佛号善名称吉祥王如来。」乃至「东方去此，过九殑伽沙佛土，有世界名善住宝海，佛号法海胜慧游戏神通如来。」这其中六段，都与前四译不同。到了说到药师如来的净土，就与四译相同。但同中又有稍异：

    一、前四种译本，在佛宣说神咒之后，祗说大众得闻药师佛名而获利益，义净译则说闻七佛名而得益。

    二、义净译药叉神将闻了七佛名号发愿护法，及时诸人众起，七佛应召来会证明其事等文，为其余译本所无。

    三、义净译多了七佛说咒，名定力琉璃光。

    四、奘译没有金刚及梵释诸天各说咒语。现存所依的玄奘译本，其中药师如来所说的神咒一段，也是从义译录出而插进去的。但帛尸梨密多罗所译也有咒语，不过不是在当中，而是附于经末。

    关于这点，太虚大师曾有论到：佛法，不独小乘，即大乘也是因地而异，因时而异。比方佛灭度百年后，小乘蓬勃，大乘隐晦；从五百至八百年间，大乘盛行，密教还不大兴盛；后来才慢慢活跃起来。这是因时而异。第一译者帛尸梨密多罗三藏，是龟兹人；密法早就流传在龟兹，所以他就编译大灌顶神咒经。义净到印度时，正是印度密典盛行的时代，故义净三藏译出的本典，密宗的色彩较重，奘公及达磨笈多等则较少。

    这里附带一谈净土法门与秘密法门的关系。在过去，有些净土行者，不满意密教；而密教学者，也多少轻视净土；其实净与密，关系最为密切，其性质也最为接近。比方本经，若除却咒语，便纯粹是净土法门；加上了咒语，便又通于密部。

    又如阿弥陀经，是纯净土法典；但如「拔一切业障根本得生净土陀罗尼」，也就通于密部。这与本经相同，本经药师所说咒，也是拔除一切业障。还有，不论净土或秘密教，佛或本尊，其加被力最受重视。如阿弥陀佛的愿力，或药师如来的本愿力，都极重要；而行者对于佛或本尊的不可思议力，更须要具足充分的信心，绝不容许有丝毫的疑念。又密部的念咒和净土的念佛，同是以口发音声，作为修行的方便。密宗修观，观想其崇拜的对象──本尊，如大日如来、观音、文殊等菩萨；不动、阎鬘德迦等金刚，到观行成就，本尊现前，即可与自己晤谈，开示法语。净土法门的念佛观修成，佛也同样可以现前，如般舟三昧经说。这二类法门，非常相近。如现讲的药师经，教我们诵经，念佛，或持咒，可说都是属于显教的修行法。金刚智，不空，一行三藏等密教大师，都曾有药师仪轨；所以本经，通于净土及秘密法门，通于显、密二教。

    正释

    甲一缘起分

    乙一叙事证信

    如是我闻：一时薄伽梵游化诸国，至广严城，住乐音树下。

    本经全文，分三大科：即缘起、正宗、流通三分。叙述佛说此经的因缘，是缘起分。由此而引起开示全经的中心主题，为正宗分。佛说法，不但是为了当前的听众，且远为未来的众生，所以还要嘱咐流通，化化不绝，是流通分。

    缘起分中，又分叙事证信与礼请起说，通常称为通序与别序。叙事证信，是叙述佛在何时何地为何等人开示此一法门，以及当时在场听众共有若干，以表示结集经典的人，确曾从佛听来，不是妄自杜撰，这才能取得后人的信仰。智度论说：『说时、方、人，为令人生信故』。如现代的会议记录，必记下时间、地点、出席人数及其议案，以示有史实可稽。佛教圣典，不像外道经书，说不出出处，而假藉以天降，或是从山洞里得来，甚至说是由乩坛里扶乩得来！

    「如是我闻」，明所闻的法门。是说：如此之法──这部经典，是我（结集者）亲自听来的。这是佛入灭后，弟子结集经典时