出面邀林巧稚重返协和，她再三考虑，辞去了两院主任职位，停止了诊所开业，于1948年返回协和医院，同时又把她的学生一起调回了协和医院妇产科。1951年1月20日，中央人民政府和军队接管协和医学院，林巧稚继续在协和医院工作直至去世。

    林巧稚是中国妇产科的主要开拓者之一。她献身医学事业，把毕生精力无私地奉献给人民。追悼会遗像两旁垂下4.5米高的幛联，上面写着：“创妇产事业，拓道、奠基、宏图、奋斗、奉献九窍丹心，春蚕丝吐尽，静悄悄长眠去；谋母儿健康，救死、扶伤、党业、民生，笑染千万白发，蜡炬泪成灰，光熠熠照人间”。60个字反映了她60余年的工作和她的业绩。20世纪30年代初，她对胎儿宫内呼吸，女性盆腔器疾病进行研究；40年代末，开始对滋养细胞肿瘤和其他妇科肿瘤的研究；50年代她提出和进行了大规模的妇科病普查普治，对新生儿溶血症诊治成功；60年代对切除56斤7两巨瘤成功；80年代潜心编纂《妇科肿瘤》。她的一生都奉献给了妇产医学科学事业。