迈革职逮赴京师问罪，着耆龄署理巡抚印绶。耆龄接署巡抚后，一改陈启迈的做法，主动与曾国藩配合，要饷他便着人四处筹饷，缺粮他便让人八方去购粮，使江西战事渐由被动转为主动。咸丰九年（公元1859年），调任广东巡抚。同治元年（公元1862年）督军赴闽办理军务，该年七月得赏头品顶戴升授闽浙总督。

    在当时的大清国，耆龄尚属能员行列，只是对汉人太过蔑视。他当初不敢对湘军掣肘，一是怕江西局面坏成不可收拾，一是怕自己重蹈陈启迈的覆辙。曾国藩在京师署刑部侍郎时，奉命审理过侯爷琦善的案子，轰动了朝野。耆龄自忖无法与琦善相比，自然也不敢与手握重兵的曾国藩相抗衡。

    左宗棠督军入浙时，耆龄已经在福建督办军务，但朝旨却把浙江划归曾国藩节制，左宗棠与他并无统属关系。耆龄得授闽浙总督后，浙江已不再由曾国藩节制，自然重归闽浙总督管辖。耆龄要参左宗棠，受官文挑唆只是原因之一，还有另一层原因：朝廷几次下旨命左宗棠调派兵勇援闽，左宗棠却反复搪塞，根本不派一兵一卒，只是一心经营浙事。耆龄是无论如何都咽不下这口气的。

    按他自己的话说，像左宗棠这种目空一切又自以为是的人，不狠狠参他一本，天理都难容。耆龄在参奏左宗棠不久，又暗上一本，密保正在江宁围剿的吉字营统领江苏布政使曾国荃出任浙江巡抚。

    耆龄这么做也是官文给出的主意。官文函告耆龄说：“保举曾老九出任浙抚，使天下人相信，参奏左宗棠非耆九峰本意，实乃曾涤生指使也。无非是为江宁克复后，为胞弟谋一封疆缺分。”

    官文老谋深算，此举真正叫做恶毒，无非是想让汉员之间相猜，最后再发展成相斗，满人才好从中取利。

    心性率直的左宗棠怎么能不被气病呢？