宋教仁遇刺后，国民党内部形成了两种截然不同的意见，稳健派主张法律解决，激进派号召武力从事，而刚从日本回到上海的孙中山态度鲜明地站在了后者的立场，他极力主张起兵讨袁，并声称只要有两个师的兵力，他就亲自率领向袁世凯问罪。

    不过，当时的主要问题在于，国民党连两个师的军队也没有，而舆论对“出师派”也颇为不利，因为当时“宋案”尚未完全厘清，即便国民党人有一千个理由怀疑袁世凯，但也不宜直接认定袁世凯就是幕后元凶，此时兴兵讨袁，未免有“地方反抗中央”的造反之嫌。因此，当孙中山要求对袁世凯动武的电报发出后，国民党的三大“实力派都督”（江西都督李烈钧、安徽都督柏文蔚、广东都督胡汉民），都立刻回电表示绝无实力独立。

    在“宋案”陷于停顿之际，袁世凯却迅速与英、法、德、俄、日五国银行团签订了2500万英镑的“善后大借款”，该借款年息5厘，期限47年，债券9折出售，扣除6％的佣金，等于只有2100万英镑，而到期归还本息就要6789万英镑，条件不可谓不苛刻。但袁世凯凭借多年的政治经验，早已预料到要与革命党人最终摊牌，因而此举实为未雨绸缪，所谓“兵马未动，粮草先行”，预先筹措足够的资金以应付未来的乱局，也是先招。毕竟，无论是造反或是镇反，没有钱总是万万不能的。

    借款消息公布后，黄兴、柏文蔚、李烈钧、胡汉民等人也都纷纷发表通电，斥责袁世凯违法借款，藐视立法机关，而袁世凯钱已到手，他也就干脆撕下脸皮，非但不理睬国民党籍议员的抗议，反而气势汹汹地斥责孙中山、黄兴等国民党人：“我现在算是看透了，孙文这些人左也是捣乱，右也是捣乱，除了捣乱，他们就没有别的本领了。你听听，孙文说什么‘公今日舍辞职外，决无他策’，还说什么‘必以前次反对君主之决心，反对公之一人，义无反顾’……孙文还想下定决心跟老子干呢！你们可以告诉国民党人，我袁世凯就不能听人捣乱，他孙文若敢动枪动炮，或另行组织政府，我就发兵征伐，而绝无姑息养奸之余地。”

    总统府秘书长梁士治迟疑了一下：“大总统，这样说是不是太直接了吧？”袁世凯气呼呼地答道：“就说是我说的，我对这话负责！”

    1913年6月9日，袁世凯先下手为强，下令免除李烈钧的江西都督职务，任命黎元洪兼署江西都督；14日，又将广东都督胡汉民免职；30日，安徽都督柏文蔚也被免职。如此一来，国民党籍的三位都督都被袁世凯以“不称职”、“不孚众望”的名义罢免。

    至此，南方的国民党人也只能丢掉幻想、起而应战了。李烈钧被袁世凯免职后倒没有立即举兵讨袁，而是先通电下野并前往上海与孙中山、黄兴、陈其美等人商议，之后秘密返回江西组织“讨袁军”并发布讨袁檄文，宣布独立。由此，“二次革命”正式爆发（亦称“癸丑之役”或“赣宁之役”）。

    在李烈钧宣布独立后，黄兴赶赴南京将驻宁的第一师和第八师改编成讨袁军，随后以江苏都督程德全的名义通电江苏独立；湖南都督谭延闿也在各方的压力下宣布独立，并派兵前往江西支援李烈钧；安徽都督柏文蔚也随后宣布独立，同南京、江西构成犄角之势；福建都督孙道仁因手下的师长许崇智宣布起义，也加入了讨袁的阵营；在广东，被免职的胡汉民和新任都督陈炯明并没有中袁世凯的离间之计，他们也联合起来宣布独立；另外，川军第三师师长熊克武也在重庆宣布独立……表面上看，架势有当年辛亥之气象，但此时的袁世凯已经不是当年的袁世凯了。

    早在李烈钧宣布独立前，北洋军便已开始向南方各省渗透。1912年秋，一小部分北洋军队应湖北都督黎元洪之邀陆续进入湖北境内；1913年5月中旬后，南北对立之势日益明