但袁世凯终究未曾醒悟。开弓没有回头箭，世界上终究没有后悔药可吃，在后来取消帝制的当天晚上，袁世凯把张一麐找来谈话，极其悔恨地说：“我当时没有听你和范孙（严修的字）的话，现在想来真是又悔又愧啊！范孙跟随我多年，从来没有跟我提起过什么官阶升迁；你在我的幕府中也有十几年了，也是从来没有提过什么个人要求。可见那些淡泊名利、荣华富贵、功名利禄的人是多么的可贵，这才是真正的国士啊！那些曾经推戴我的人，难道他们真的是为国为民吗？他们今天推戴我为皇帝，明天就可能反对帝制，这种人真是比比皆是哪！总之，我办事情的时候多，读书的时候少，这也是咎由自取，怪不得别人。”

    最后，袁世凯沉痛地说：“只是误我事小，误国事大，当国者不能不引以为戒啊！”

    到最后，袁世凯的身体也顶不住了，称王称帝非但没有帮助他破除家族魔咒，反而加速了他的死亡。据袁静雪回忆说，在1916年的元宵节，正当全家人围在一起吃元宵的时候，六、八、九三个姨太太为了“妃”、“嫔”的名分又在袁世凯的面前大声争吵了起来。袁世凯见后长叹了一口气，说：“你们不要再闹了！你们都要回彰德去，等着送我的灵柩一块儿回去吧！”说完，袁世凯便起身回办公室了。当时护国战争已经爆发，袁世凯整日忧心忡忡，精神不振，再被家里这么一闹后，袁世凯从那天开始便饭量减少，慢慢就恹恹成病了。

    在各方要求总统退位的声浪中，袁世凯方寸已乱，退位心有不甘，接着开战又有所不能，弄到最后，心力憔悴，他的身体也垮了。到了1916年5月的最后几天，袁世凯已经不能办公；6月5日，袁世凯一度休克昏迷；延至6月6日的凌晨6点，袁世凯终于一命归西。

    袁世凯在清末的时候得过软足病，这也是当时摄政王载沣将他开缺的由头。辛亥革命爆发后，袁世凯复出，在入宫的时候还需要仆役搀扶。这一次，袁世凯得的病是膀胱结石导致尿毒感染全身，原本这个病是不会导致生命危险的，但袁世凯为人比较固执，一直不肯看西医、不肯动手术（大概也是因为发病的位置特殊，羞于启齿），加上帝制后的种种不顺，急火攻心，更是加重了他的病情。

    等到病情急剧恶化、小便不畅后，在袁克定的坚持下，袁世凯才让法国医生贝希叶前来诊治，但此刻为时已晚。贝希叶建议袁世凯到医院去动手术，或许还有一线生机，但被袁世凯拒绝。在这种情况下，贝希叶只好在袁世凯卧室给他导尿，但此时导出来的全是血尿。袁世凯自知不起，便急忙让人把徐世昌和段祺瑞找来，并把总统大印交给徐世昌，说：“总统应该是黎宋卿（黎元洪的字）的，我就是好了，也准备回彰德去。”

    据说，袁世凯在6日凌晨昏厥复苏之后，对侍疾在侧的老友徐世昌低声说“杨度杨度，误我误我”；也有人说，袁世凯临终时说：“是他害了我！”袁世凯也没说这个“他”到底是谁，一般人都认为指的就是大公子袁克定。要说这复辟丑剧，袁克定还真要负一半的责任，他自己想做太子想疯了，结果是把老头子推到火上去烤，害得袁世凯一代枭雄，最后为这竖子所害，落得个可惜可笑又可叹的千古骂名，真是窝囊至极。袁克定这个人，不文不武，品不高，德不显，糊涂半生且不说，晚年还好男宠，结果因此而倾家荡产，潦倒而终。袁世凯有这样一个太子，又怎能不败？

    由于袁世凯死的时候仍旧是在职的总统，因此黎元洪在继任总统后还以在职国家元首的规格给他治丧。当时中央政府除了拨款五十万公款用于丧葬费用外，还通令文武机关下半旗、停止宴乐27天，民间娱乐也停7天；文武官员和驻京部队一律佩戴黑纱；设立“恭办丧礼处”，以曹汝霖、王揖唐、周自齐三人承办大典丧礼，黎元洪、徐世昌、段祺瑞三人总负责。