同，铁路行政权，须又中国人自行管理，日本可允与以管理借款之会计审核权，惟须斟酌慎重；对于开商埠问题，袁批示：须用自开办法，并应限制，免日本人充斥而来，反客为主；对汉冶萍铁矿厂问题，袁批示：这是商办公司，政府不能代谋；对福建让与问题，袁批示：荒唐，领土怎能让与第三国；对内地杂居事宜，袁批示：治外法权未收回之前，不能允以杂居。

    对于第五号，袁批示：此项限制我国主权，简直似以朝鲜视我，这种条件岂平等国所应提出，实堪痛恨；日本自己亦觉不妥，故注“希望条件”，不理可也。万万不可开议，切记切记（两句袁世凯特意加朱笔密圈）。

    日本此时提出“二十一条”，事实上是有备而来，因为它之前便已料定中国缺乏反抗之能力，因而从一开始便警告袁世凯这是秘密条约，必须从速商定，不得外泄。倘若中国不答应，日本就要海陆并进，大举进攻，而当时的列强都没有能力前来干涉，美国虽然尚未介入欧战，但也不愿独力阻止日本的侵略计划。对此，日本是早有战略预估的，因而也就肆无忌惮了。

    “二十一条”是袁世凯从政以来最严重的外交危机，所幸其应对还算有效得体。袁世凯采取的第一个措施便是利用各种渠道摸清日方的底牌，他先派出日籍顾问有贺长雄返回日本访问日本政界元老松方正义及山县有朋，探查其中的内幕，随后又派人花重金收买日本间谍，调查日方的有关情况，以在谈判中争取主动。

    为配合摸底活动，袁世凯在谈判中故意采取了拖延战术，他首先将在外交交涉中不甚在行的孙宝琦换下，并再度启用了善于在困难局面前谈判的前外交总长陆征祥，并指示陆征祥与曹汝霖在谈判中逐条商议，务必拖延时间，不可被日本人牵着鼻子走。

    陆征祥是中国近代史上一个难得的外交人才，为了贯彻袁世凯的指示，他也想了很多办法，譬如日本提出每天开会，而陆征祥则和颜悦色的提出，他的事务非常繁忙，每周只能开一次会，最后使得日方妥协，每周会谈三次。在每次谈判之时，陆征祥总是故意缩短会议时间，譬如每次开会，陆征祥说完开场白后即命献茶，并尽量拖长喝茶的时间，这与猴急的日方代表形成了鲜明的对比。但日本代表也无可奈何，因为这毕竟是东方的礼节。

    袁世凯的努力最终有了回报，他通过各种渠道了解到的信息显示，“二十一条”并没有经过御前会议（如果要动用武力必须经过御前会议），而是大隈重信内阁擅自采取的秘密行为。由此，袁世凯便有步骤的通过报纸及外交渠道将“二十一条”的内容透露出去，结果引发了一场轩然大波，“二十一条”立刻成为纽约及伦敦媒体的头条新闻，这也使得日本试图尽快结束同中国的秘密谈判已经不可能。

    美国国务卿在得知“二十一条”的内容后，随即照会中日两国，声明美国对于中日两国所缔结的条约如果有违门户开放政策的话，将一概不予承认。在各方的压力下，中日谈判也陷入了僵局，一拖便是四个月。日本人见在谈判桌上无法取得进展，随后便在东北、山东、福建沿海等地增兵，摆出一副谈判失败即开战的架势，并在5月7日提出最后通牒，限中国在48小时内对一至四号及其福建问题给予日本“满意之答复”，否则就要诉以“必要之手段”。

    在这种情况下，袁世凯召集政府各机关首长开会，与会者包括副总统黎元洪、国务卿徐世昌、参谋总长及各部总长、各院院长等。在会上，袁世凯悲愤陈词，称在“国力未充、难以兵戎相见”的时候，目前只能暂时取辱，不然将重蹈甲午之覆辙。权衡利害，不得已接受日本通牒之要求，何等痛心！何等耻辱！经此大难后，大家务必以此次接受日本要求为奇耻大辱，本着卧薪尝胆的精神，做奋发有为之事业。不然，十年之后，非但不能与日本一较高下