有一个师指挥员随同前往统一指挥，出现了各部不相统辖的现象，特别严重的问题，是部队于二十五日二时登陆时，正值涨潮，国民党军设在海滩的铁丝网和许多水下障碍物都被潮水覆盖，许多登陆船只船底被挂，船只一时动弹不得，部队只好下水前进；此时，船队仍有返航的可能。然而第一梯队没有统一指挥，只在每船派有押船的干部战士各一名。这些干部战士见前面的船只未返回，在海边犹豫等待。部分新船工见炮火猛烈，自己就弃船跳海。无人组织船只返航，错过了涨潮高峰，海水退潮使已经抢滩的船只和海边其它船只因未及时返航，全部搁浅在沙滩上。二十五日天大亮时，所有的木船都暴露在无遮无掩的沙滩上。国民党军指挥反扑的第十八军军长高魁元，除了用炮火轰击船只，还专门派了两个团去执行烧船任务。经过激战，国民党军逼近了船只，他们朝木船倾倒带去的汽油、花生油，放火烧掉了所有的木船。隔海看到的是沙滩成列的木船在海风中起火燃烧。没有了船队，使在岸边待命的第二梯队四个团无法增援！原定的作战部署已不可能实现。这就造成了已登陆的第一梯队在金门岛上孤军浴血奋战。当时在大陆岸边指挥的第八十五师师长兼政委朱云谦一辈子都无法忘记他看到的情景。朱云谦后来回忆说——

    我们眼看着船只被烧，第二梯队无法过海，内心的着急和痛苦实非语言所能形容。古语说“隔岸观火”，是事不关己、袖手旁观的意思，而我们却是看在眼里，痛在心头，异常着急而又无计可施！这样的心情，是我参加革命以来，从未经受过的。

    第一梯队三个团的突击部队，在已经既无退路又无后援只持步兵轻武器的劣势情况下，同据有防御阵地及重型武器，还有坦克、飞机与军舰助战而兵力高于五倍的国民党军面前，顽强不屈，经两昼夜激战，最终失败。这场战斗，是解放军战史上空前悲壮的一页。

    这三个团无统一指挥，登陆时建制紊乱，都各自机械地根据事先提出的“有几个人打几个人的仗，不等待，不犹豫，向里猛插”的口号，向纵深猛插，团指挥员也失去对部队有效的控制。登陆部队确实相当勇猛，登陆仅一两个小时就撕破了国民党青年军第二零一师的阵地，使该师昏头转向，几乎丧失了战斗力而丢弃了工事南逃。登陆部队还俘虏了不少敌兵，因缺人看管而成了负担。第二四四团还一举占领了金门西部的制高点双乳山。多年以后，连台湾方面也不得不承认解放军登陆后几小时的攻势几乎势不可当。承认解放军的“优点”是：不仅“冒险犯难，行动迅速”、“攻击作业力强”，而且“干部控制力强，因此战斗意志在其控制之下甚为顽强，只要在其干部控制之下，可顽抗到最后”。有的台湾战史记述说：“第一线海防，未经激烈战斗，即为匪所执。次为一三二高地，居高临下，射界广阔为一理想之防御阵地，但于匪登陆之后，不及数小时，即将高地四周（包括高地南坡）整个占领，据云仅有零星抵抗，至此金门‘三高’已去其一，所幸琼林要隘有战车三连演习之车辆扼守，否则胜败属谁，实未可知。”

    天大亮以后，登陆部队遭国民党坦克群攻击而严重受挫，是金门失利的一个不幸开端。登陆部队的登陆点选择不妥。部队在大金门岛西半岛北岸登陆，这里地势平坦，虽便于登陆，亦利于国民党军装甲部队运动。登陆部队没有有效的反坦克武器，又不利于在这片平坦的滩头建立阵地以固守，天亮后就马上暴露在坦克阵和大量国民党援军步兵的联合反击之下。登陆点这一带海边开阔地本来就是金门坦克部队的训练场地，因而坦克群在此作战是驾轻就熟。解放军登陆部队毫无准备，立即隐蔽还击。但是海边开阔地只有一些防风草，没有其它隐蔽物。部分人员分散躲入防风草中，许多人暴露在外，受到坦克炮火攻击，伤亡很大。解放军指战员发扬在大陆上反坦克作战