抗战爆发后，友人纷纷劝周作人南下，从日本逃回国的郭沫若发表《国难声中怀知堂》说：“我自回国以来所时时怀念着的，却是北平苦雨斋中我们的知堂。……知堂如真的可以飞到南边来，比如就像我这样的人，为了掉换他，就死上几千百个都是不算一回事的。”

    但周作人还是留在了沦陷的北平，他在给陶亢德的信中说：“有同事将南行，曾嘱其向王教长蒋校长代为同人致一言，请勿视留北诸人为李陵，却当作苏武看为宜。”谈到郭沫若的之文，他说：“鼎堂先生文得读，且感且愧，但不敢不勉耳。”

    1938年春夏，周作人和寺内寿一的合照在香港的报纸上刊发后，文协便开除了周的会籍。

    同年8月，胡适从伦敦寄给周作人一封信，信中附白话诗一首：“臧晖先生昨夜做一个梦，梦见苦雨斋中吃茶的老僧，忽然放下茶盅出门去，飘然一杖天南行。天南万里岂不太辛苦？只为智者识得重与轻。梦醒我自披衣开窗坐，有谁知我此时一点相思情。”意在劝其南下，周作人亦回诗一首，诉说自己不南下的理由：“我谢谢你很厚的情意，可惜我行脚却不能做到，并不是出了家特别忙，因为庵里住的好些老小。我还只能关门敲木鱼念经，出门托钵募化些米面——老僧始终是老僧，希望将来见得居士的面。”

    周作人拒绝南下的托词为“上有老、下有小、家累重”，俞芳认为，这只不过是他的托词，鲁老太太根本不是他的负担，而当时八道湾的孩子们都已经长大，最小的是周作人女儿静子的两个孩子，“但但是八个青壮年，带两个小孩子，问题应该是不大的”。

    卢沟桥事变后，北大南迁，指定年迈且患高血压的马裕藻，以及董康、周作人三人留守，保管校产。日本人占领北平后，多次命周作人请马裕藻出山任教，马裕藻让幼子马泰将周拒之门外。次数多了，马裕藻便让马泰对周说：“我父亲说了，他不认识你。”从此，周才不再登门。

    周作人并非开始就有附逆之心，张铁荣在《周作人平议》中说：“北平沦陷后不久，据一位最后逃出虎穴的北大同学透露，一天，周作人从东安市场回家，路经北大二院，下车看看学校的情形，当时任翻译的日本人小林过来用日语打招呼，此人有一种大和民族的优越感，平日对教职员毫无礼貌，周作人给他一个冷面孔，毫不理会，昂首直入，小林立即改用中国话向周致意，并连连道歉，周作人还斥责了他对教职员语势之不当云云。……人们还不知道，周作人曾和马幼渔一起痛骂过当时已附逆的原北大日文教授徐某，时间是日本侵略军占据北平之后大约半年……”

    1939年元旦早晨，有人冒充学生到八道湾拜访周作人，进门便抬手给了周作人一枪，子弹打中周腹部。刺客还打上了当时在周家作客的周作人弟子沈启无，在逃走时，又打死了周家的一名车夫。

    周当天穿的是新棉袍，子弹穿过棉袍打在他穿的毛衣的衣扣上，只是划伤了他的皮肤，但周坚持说子弹打进肚子里了。事后到医院做了检查，并没有发现子弹，后来周在穿毛衣时发现了变形的衣扣，又在客厅找到了子弹。但周却极为惶恐，他同意由日本人安排警署派三名便衣警卫进驻其家中。出于安全考虑，他辞去了郊区的燕京大学教席，随后出任伪北大文学院院长一职。

    周作人说刺客是日本人，有人说是“抗日锄奸团”，也有人说是爱国青年学生，又有人说是周作人的侄儿周丰三因无法阻止伯父当汉奸而决定干脆杀了他，与几个志同道合的同学所为。但无论哪种说法，都没有得到证实，至今是个疑案。

    鲍文蔚曾问周作人为何有人要加害于他时，周轻描淡写地说：“可能有人觉得我可恶吧。”

    周作人任伪职后，文化界倾力劝周作人南下，茅盾、郁达夫、老舍、冯乃超、王