运动将马寅初打成“右派”。中央统战部许涤新为此事请示周恩来，周恩来明确指出：马寅初这个人有骨气，有正义感，是爱国的，他是我国有名的经济学家，国内外都有影响，不能划为“右派”。马寅初才得以幸免于难。但据许涤新在一篇序文中揭露，马寅初仍被打入了“内定右派”的花名册。

    1958年7月，为了迎合“人多是好事”的观点，康生公开点名批判马寅初，向《新人口论》发难。1959年10月24日，他召集理论界和有关报刊负责人开会，布置批判马寅初，并指示说：“批判他的文章不一定多，分量要重，可以和他过去的理论联系起来批判。”还指示有关部门批判完了将马寅初调出北京大学。接到康生指示后，《光明日报》从1959年11月至1960年1月，共发表了10篇批判文章，《新建设》发表了4篇批判文章，批判马寅初的“资产阶级学术思想”。

    于是，一个批判“马寅初反动思想”的运动在全国范围内开展起来。据现在档案资料统计，仅1958年下半年，《人民日报》等全国重要报刊发表的批判文章就达200多篇。马寅初感到个人遭批判、受委屈事小，国家的前途命运事大。要求会见毛泽东、刘少奇、周恩来三位领导人中的任何一位。然而，他的这一恳请未被批准，没有一个与他面谈。只有毛泽东派人放出话来：“马寅初先生不服输，不投降，可以继续写文章，向我们作战嘛！他是个很好的反面教员嘛！”马寅初公开表露，“为了国家和真理，我不怕孤立，不怕批斗，不怕冷水浇，不怕油锅炸，不怕撤职坐牢，更不怕死……无论在什么情况下，我都要坚持我的人口理论。”

    1960年1月，马寅初在《新建设》上发表了《重申我的请求》。文中说：“《光明日报》和《新建设》所发表的批判我的文章很多。不过，过去两百多位先生所发表的意见都大同小异，新鲜的东西太少，不够我学习。11月30日《光明日报》一篇文章说过去批判我的人已经把我驳得体无完肤了，既然是体无完肤，目的已经达到，现在何必再驳呢？但在我看来，不但没有驳得‘体无完肤’，反而驳得‘心宽体胖’了。”“我个人被批判是小事，没什么，不过我想的是国家和民族的大事，我相信几十年以后，事实会说明我是对的。”

    康生看到这篇文章的小样后，说：“这是猖狂进攻！他的问题已不是学术问题了，而是借学术为名，搞右派进攻。要对他进行彻底的揭发批判。”

    《新建设》在发表马寅初的文章时据此加了按语，说：“他的这篇文章和其他许多文章，资产阶级谬论很多，必须进行讨论和批判。”之后，马寅初的申辩权被剥夺。1960年1月3日，马寅初被迫提出辞去北京大学校长职务的口头辞呈，翌日，递交了书面辞职报告，不久，国务院批准了他的辞职。很快他又被罢免了全国人大常委的职务。从此，中国人口盲目增加，多生了几亿人。人们常说：“错批一人，误增三亿！”

    后来毛泽东看了马寅初《重述我的请求》，向秘书口授道：“马寅初向我们下战表，堪称孤胆英雄，独树一帜，也可以说是茅坑里的石头，又臭又硬。马尔萨斯姓马，他也姓马，有人要捍卫他的外国祖先到底，有什么办法？看来，马寅初不愿自己下马，我们只好采取组织措施，请他下马了。理论批判从严，生活给予出路，此事不可手软。”这以后对他的批判就升级为政治斗争和人身攻击了。一夜之间，上万张大字报贴满了北大校园，甚至连他家的院子里、书房里及卧室里，都贴满了大字报。“马寅初不投降，就叫他灭亡！”的口号声在北大校园内此起彼伏。

    不久，马寅初又被免去全国人大常委的职务。还规定马寅初不得发表文章，不得公开发表讲话，不得接受新闻记者访问，不得会见外国人士和海外亲友，以戴罪之身，