台湾学者林继平《我的治学心路历程》中记述，国民党从大陆撤退时，熊十力秘密乘火车来到广州，准备转去香港或台湾，毛泽东得知消息后，立即电告四野林彪司令员在广州拦截。林彪与熊十力是湖北黄冈的同乡，尊称他为熊老师。熊十力无可奈何，只得随林彪回到武汉。林彪还召开欢迎大会，欢迎这位湖北耆宿荣归故里。会后，即护送熊回到北京。

    五十年代初，熊十力在北京四年多的生活是安定的，但也是孤寂的。他虽然受到礼遇，但内心深处却充满着惆怅。他关于复兴中国文化、重振古代儒学的主张被凉在一边；而自己的哲学，理会者更加稀少；昔目的友朋门生故旧聚首日渐稀罕。在北京先还有些学生来谈谈，后来就没有什么人上门了，有的连信都没有一封了。有的人过去对他执弟子札，但是到某种运动一来，竟说，我不知道熊有什么学问。

    五十年代，陈毅去看望熊十力，他竟伤心地嚎啕大哭。陈毅问：“您老为何这么伤心？”答道：“我的学问没有人传呀！”熊十力晚年居上海时，愈加难耐寂寞，曾对人说：“现在鬼都没有上门的了。”陈毅深受震动，后来有一次在给上海高校的教师作报告时，他建议大家多向熊十力请教，“近在眼前的贤师，你们就去拜门，有人批评，就说是陈毅叫你们去的！佛学是世界哲学里的组成部分，一定要学。共产党讲辩证法，事物都要了解其正反面，不懂唯心论，又怎能精通唯物论呢？”

    冯友兰在《怀念熊十力先生》一文中写道：“熊先生在世时，他的哲学思想不甚为世人所了解，晚年生活尤为不快。但在50年代他还能发表几部稿子。在他送我的书中，有一部的扉页上写道：‘如不要时，烦交一可靠之图书馆。’由今思之，何其言之悲耶！”

    晚年，熊十力由上海市委统战部“领导”，因此，他经常要向统战部领导“汇报”一下自己的近况，遇有“运动”，也难免表一下态。如1957年6月，他写信给统战部，信中有“今天见报载，章伯钧自认造谣反党，真可耻可恨。”1959年2月信中有“昨年大跃进，中外欢腾。今岁更当一日千里。”但更多的是生活方面的要求，如住房问题、吃饭问题等等。1960年11月，他致信统战部，要求吃粗面包，“上月承惠两次饼干，是上好的东西，而此物吃时总不觉得饱，所以愿吃粗面包。”1960年12月，熊突然便血，便写信给统战部，“谨请予我一个宰好了的肥的母鸭子，看可救此症否？”并说“素承厚意怜念老人，故敢常扰。”统战部12月5日向上级请示：“拟同意送母鸭一只，请核。”领导批曰“同意”，于是，12月9日，熊十力得到了自己的一只肥母鸭。

    在生命的最后几个年头，熊十力哀叹道：“人生七十，孑然一老，小楼面壁，忽逢十祀。绝无向学之青年，亦鲜有客至。衰年之苦，莫大于孤。五年以来，余犹积义以自富，积健以自强，不必有孤独感也。大病以来，年日衰，病日杂，余兴尽矣。”

    1963年，熊十力七十九岁，元旦开始动笔起草《存斋随笔》。

    1964年12月，熊十力赴京出席四届政协一次会议并列席人大三届一次会议。其间，陈毅曾来看他，并对在场的熊氏后人说，你爸爸是书呆子，让他写，把他的学术思想都写出来。郭沫若也来看望熊先生，谈到《存斋随笔》印行的种种困难。郭沫若也有苦衷，不便宜说。熊十力知此书印行已无望，说如果印若干本留存也不行，请退稿。1965年初，熊十力收到退稿后，请封用拙（熊的文书）再钞一份留存。

    老友韦卓民上海看望熊十力，一见面熊就号陶大哭，使韦深觉不安。

    1965年夏，弟子习傅裕去看望老师熊十力时发现，熊先生明显地衰老了，目光不再如以前那般如炬，谈吐不再像以前那般滔滔，情绪也