在同学们再出校游行，如果闹出事来，会授人以口实。学生们则向蔡校长痛陈内心积愤，已是忍无可忍，恳求校长不要阻止。其他数同学则颇感不耐，发出“嘘！”“轰”吵嚷和怒骂的声音。看看时间已到中午，张国焘即挤向前去，高声向蔡元培说：“示威游行势在必行，校长事先并不知道，现在不必再管，请校长回办公室去罢。”他和其他几位同学连请带推地将蔡校长拥走，游行队伍在一片欢呼声中，蜂拥般向天安门出发了。

    1919年5月4日，在“五四”游行中，军阀政府派军警抓走了32名学生，其中北大学生20人。当天晚上，蔡元培便邀请与司法部关系密切的王宠惠一起到北大和同学们共同商议营救之事。5月7日，被捕学生获释，蔡元培亲自率领北大全体教职员和学生在沙滩广场列队迎接。大家见面分外激动，彼此相对欲言无语，许多人竟致大哭起来。蔡元培劝慰大家应当高兴，不要哭，话未说完自己也禁不住流下眼泪。北大被捕获释学生许德珩回忆当时的情景说：“当我们出狱由同学们伴同走进沙滩广场时，蔡先生是那样的沉毅而慈祥，他含着眼泪强作笑容，勉励我们，安慰我们，给我们留下了极为深刻的印象。”

    1920年冬，蔡元培赴欧美考察教育，出国期间，由蒋梦麟代理其校长职务。当时，北洋政府久欠北平高校教育经费，各校教员领不到薪水，便向政府请愿，反被警卫殴打，因而宣布罢教。后经北平师生的努力斗争，北洋政府意识到事态严重，才为各校教员补发欠薪，并表示歉意。各校才开始复课。蔡元培回国后，听说此事，大为不满，召集北大教职员痛切地说：学校教育青年，教职员应为学生模范，岂可因索薪罢教，贻误后生？如果认为政府太坏，不能合作，尽可自动辞职，另谋他就。如大家都求去，亦可使政府惊觉反省。岂可既不离职，又不尽教学责任，贻误青年？他坚决要求把罢教期间未为学生上课，而领得的薪水，交出归公。教职员都接受了蔡的提议，请求将所领薪水分期扣除。

    五四前若干时，北洋政府觉得不安，对蔡元培施加压力，甚至跟踪、恐吓。当时蔡元培有两个“谋客”，蔡经常和他们商量如何对付北洋政府之事。有一天，蔡元培在一个“谋客”家中与他们谈起此事。其中一个老谋客劝蔡元培解聘陈独秀，并制约胡适一下，这样才能保存机关，保存北方读书人。蔡元培一言不发。两人说了几个钟头以后，蔡先生站起来说：“这些事我都不怕，我忍辱至此，皆为学校，但忍辱是有止境的。北京大学一切的事，都在我蔡元培一人身上，与这些人毫不相干。”

    蔡元培少年得志，曾中了举人，23岁会试联捷，中了进士，26岁（光绪壬辰科）补行殿试，点翰林庶吉士，散馆授编修。但他从不以此自满，他对乡前辈如謩年博学的名士李慈铭非常尊敬。蔡元培曾在李家北京寓居里教过李慈铭的儿子李孝费，可是蔡元培不以师宾自居，对李慈铭以师礼相待，执弟子礼甚恭。李慈铭去世以后，留下的著作很多，其中以《越缦堂日记》一部数十年从不间断的日记最为著名。蔡元培于1919年为刊印《越缦堂日记》募集垫印费用，用全浙公会的名义发起，交由商务印书馆印行。

    李慈铭父子相继去世以后，李家家境非常拮据。便把越缦堂藏书130余箱、两万余册，抵押与本城开同兴酱园的陆姓，得款数千元，但每月须负担重息。蔡元培知道了这件事，觉得受人重利盘剥，不是办法，他就联系了北京图书馆，由北京图书馆把全部越缦堂藏书收买下来。这件事对学术界也有重大贡献。这批书经北图中人辑录李慈铭在书上批校的文字，编成《越缦堂读书记》、《越缦堂读史札记》等书。

    刘师培曾是同盟会员，思想激进，为较早接触社会主义的中国人之一，但他后来叛变革命，竟投靠端方，转而恶毒地攻击革命党