老辈程筱苏的儿子，他坐在那里恭听责备，一言不发。蒋又转向安大校长刘叔雅大加责难，说他对学生管教无方。叔雅和蒋对话间发生冲突，在座的都为之色变。蒋指着刘怒斥：“看你这个样子，简直像个土豪劣绅！”刘也大声反骂：“看你这个样子，简直就是一个新军阀！”蒋立时火气冲天，大声地喊叫：“看我能不能枪毙你！”此时刘站起来一跺脚：“你就不敢！凭什么！”蒋大吼：“来人，把他扣押起来！”立即冲进来两个卫兵，把刘拖下。

    还有一种版本来自于高伯雨的《刘文典与蒋介石》：“刘先生入室，不脱去帽子，昂然坐下，不向主席行礼致敬。老蒋见了已大不高兴，又见他打开烟盒拿出一根香烟，擦着火柴猛抽。就斥他为人师表，又是国立大学校长，如此无礼，刘先生只顾仰天喷出烟圈，然后以极鄙夷的态度，哼了一声。蒋介石大怒，立即下令扣留查办，消息传出后，教育界哗然。”

    但是，根据刘文典本人的叙述，蒋介石并没有动手打他，他说：“我一生除被一位老和尚打过，没有谁敢打我，蒋介石虽然把我关进了牢房，并不敢动手打我。”

    刘文典被羁押后，安庆的学生举行示威游行，高呼“保障人权”，要求释放刘文典。听说刘文典被蒋关押后，刘夫人张秋华赶到安庆，痛斥政府昏聩：“叔雅要到安徽来，我反对，不要他来。安徽的教育不是学者办的，是政客办的，所以现在吃亏了。”一个月后，在蔡元培、胡适、蒋梦麟等人的多方营救下，经陈立夫从中斡旋，蒋介石释放了刘文典，但要求他“即日离皖”。

    1928年12月5日，刘文典被释放。据说，当来人打开关押刘文典的后乐轩的楼门，恳请刘文典下楼时，刘死活不肯出来：“我刘文典岂是说关就关、说放就放的！要想请我出去，请先还我清白！”来人哭笑不得，只得好言相劝，刘文典这才罢休。

    刘文典的老师章太炎听说此事后，特于病中作联相赠，将刘比作敢于顶撞权贵的“祢衡”，称赞弟子的气节，联云：“养生未羡嵇中散，疾恶真推祢正平。”

    刘文典后来告诉冯友兰，当被蒋介石囚禁时，他已经做好了杀身成仁的心理准备，“我若为祢正平，可惜安庆没有鹦鹉洲。我若为谢康乐，可惜我没有好胡子。”

    1931年12月11日，鲁迅以佩韦为笔名，在《十字街头》第一期发表《知难行难》一文说：“安徽大学校长刘文典教授，因为不称‘主席’而关了好多天，好容易才交保出外。”鲁迅文中还不忘讽刺胡适：“老同乡，旧同事，博士当然是知道的，所以‘我称他主席！’”

    实际上，胡适在营救好友刘文典时不遗余力，事后亦撰文抨击国民党的专制独裁说：“又如安徽大学的一个校长，因为语言上顶撞了蒋主席，遂被拘禁了多少天。他的家人朋友只能到处奔走求情，决不能到任何法院去控告蒋主席。只能求情而不能控诉，这是人治，不是法治。”

    刘文典获释后，因蒋命其“即日离皖”，他离开安徽大学。刘文典当初接受安徽省政府的邀请回来办学，原本一心想重振安徽教育，为此，他内心极为沉痛：“这次回来，在祖父坟上掘了一个大坑，来害自家的子弟，个人身败名裂不足惜，公家事被我误尽了。”离开安大时，他特意留函劝诫全校师生，“安心向学，努力教务”。