章、刘反目。

    刘师培说：“中国革命党所持之旨，不外民族主义，故舍排满而外，别无革命。师培自斯以后，凡遇撰述及讲演之事，均设词反对民族主义，援引故实，以折其非。盖事实均由学理而生，若人人知民族主义不合于学理，则排满之事实，自消弭于无形。此即古人正本清源之说也。”

    刘师培投靠端方后仍然与革命党人保持联系，但却是为充当清廷的卧底。他变节后的第一件事便是诱捕陶成章。1908年冬，徐锡麟案发后，清廷通缉陶成章，刘师培凭着与陶“关系素深”，“日与两江督标军官米占元往各船坞查成章行踪，久之不得，无以复端方之命，而以张恭报告于端方，张恭遂被拿问”。

    张恭被捕后，王金发持枪闯入刘师培的寓所，刘下跪求饶，愿意以身家性命担保张恭安全，才得免一死。汪公权就没有那么好运气，于1909年被王金发击毙。此后，陈其美曾令蒋介石等人暗中除掉刘师培，但因孙中山怕暗杀行动会暴露起义计划，阻止他们的行动，刘师培才又逃过一劫。

    汪公权被杀后，刘师培公开成为端方幕僚，为端方考订金石，并任教于两江师范学堂。刘师培彻底与革命党人决裂。

    1911年，刘师培随同出任川汉、粤汉铁路督办大臣的端方入川。在保路运动中，端方因镇压运动被杀，刘师培也在资州被革命军拘捕。辛亥革命胜利后，刘由孙中山保释出狱。出狱后，刘经谢无量介绍，到四川国学院任教。刘师培后出任成都国学院副院长，并在四川国学学校兼课，讲授《左传》、《说文解字》等课程，又与谢无量、廖季平、吴虞等人发起成立四川国学会，著《废旧历论》等。

    1913年夏，刘师培离开成都，他在《与成都国学院同人书》中称自己本想在川兢兢业业，重振国学，无奈力不从心，加上疾病缠身，准备返回家乡。然而，他并没有回到家乡仪征，而是到了山西，担任南桂馨家的家庭教师。后经南介绍，成为阎锡山的幕僚。

    阎锡山看重刘师培的学问，将其推荐给袁世凯。在袁世凯称帝的过程何中，刘师培不遗余力为袁服务，曾任公府咨议、参政院参政等职，后又加入“筹安会”。1916年，他为袁世凯所写的鼓吹帝制的《君政复古论》还没来得及全文刊登，袁世凯便一命呜呼。刘师培本被列入通缉名单，幸得李经羲担保，他才免受牢狱之灾。