，拒绝了国民党中央研究院历史语言研究所所长傅斯年要他去台湾、香港的邀聘，任教于广州岭南大学。院系调整，岭南大学合并于中山大学。遂移教于中山大学。

    晚年失明膑足的陈寅恪在写《柳如是别传》时，曾提及少年时在南昌住居期间，一日偶随父亲三立夜逛书肆，购得尚有钱牧斋（谦益）序文之《吴梅村集》，寅恪读之竟至入迷，经年不忘。后来陈氏对文学兴趣大增，并致力于钱谦益与柳如是关系的研究，与少年偶遇的一幕有很大关系。

    陈寅恪晚年治《柳如是别传》，视柳为千秋知己，尤其爱柳的《金明馆咏寒柳词》，遂为书斋命名“金明馆”和“寒柳堂”。

    陈寅恪晚年因撰写《柳如是别传》，颇受不少学人讥讽。陈对吴宓说：“研究红妆之身世与著作，盖籍已察出当时夷夏之防与道德气节之真实情况，盖有深素存焉，绝非清闲风流之行事也。”

    20世纪50年代，陈寅恪对自己的学生汪笺说：“你要把我的意见不多也不少的带到科学院。碑文你要带去给郭沫若看。郭沫若在日本曾看到我的王国维诗。碑是否还在，我不清楚。如果做得不好，可以打掉，请郭沫若来做，也许更好。郭沫若是甲骨文专家，是‘四堂’之一，也许更懂王国维的学说。那么我就做韩愈，郭沫若就是段文昌。如果有人再作诗，他就做李商隐也很好。我的碑文已经传出去，也不会湮没。”

    1953年，中国科学院院长郭沫若函请陈寅恪任科学院哲学社会科学历史研究所第二所长。在他1953年12月1日的《对科学院的答复》里，提出就任所长的两个条件。第一条：“允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治。”第二条：“请毛公或刘公给一允许证明书，以作挡箭牌。”并说：“其意是，毛公是政治上的最高当局，刘公是党的最高负责人。我认为最高当局也应和我有同样看法，应从我之说。否则，就谈不到学术研究。”遂不能就任。仍任教于中山大学。