一时，《民报》的销售数量激增，而《新民丛报》则大规模减少，最后《新民丛报》不得不停战，关门了事。

    1912年1月3日，中华民国联合会在上海宣告成立。章太炎、程德全被选为正、副会长。章太炎发表演说称：“本会性质，对于政府立于监督补助地位。”章还说：“中国本因旧之国，非新辟之国，其良法美俗，应保存者存留之，不能事事更张也。”

    民国成立后，章太炎为实现政治抱负，曾拥护袁世凯。后他发现袁的称帝野心，大闹总统府，被袁世凯软禁至袁去世。

    1917年，孙中山在广州成立护法军政府，组织护法军，讨伐段祺瑞。章太炎担任护法军政府秘书长，并前往昆明争取云南军阀唐继尧的支持，因唐缺乏诚意未果。

    1925年，“五卅运动”爆发，章太炎发出通电，欲“使水深火热之民，早登衽席”。

    1926年3月20日，蒋介石制造“中山舰事件”，蓄意篡夺北伐军领导权。章太炎在上海组织“反赤救国大联合”，共同反对蒋介石篡权，章任该会理事。同年8月，章太炎应五省联军总司令孙传芳、江苏省长陈陶遗之请，到南京任“修订礼制会会长”。13日，章通电全国，再次反对蒋介石组织北伐。

    张中行在《章太炎》一文中回忆章太炎讲课：“现在只记得最后一句是：‘也应该注意防范，不要赶走了秦桧，迎来石敬瑭啊！’其时是‘九一八’以后不久，大局步步退让的时候。话虽然以诙谐出之，意思却是沉痛的，所以听者都带着愤慨的心情目送老人走出去。”

    1932年，日本侵略上海，章太炎盛怒之下，北上会见张学良，要求其积极抗日；章在燕京大学演说，号召青年起来拯救国家的危亡。次年2月，章太炎与马相伯发表联合宣言（史称“二老宣言”），反对日本帝国主义侵占我国东北领土。

    章太炎晚年，外患日亟。他在讲学时宣讲“行己有耻”，议论时政。蒋介石知道后，让章的金兰兄弟张继出面，劝章说：“大哥当安心讲学，勿议时事。”章太炎听罢十分愤怒，他说：“吾老矣，岂复好摘发阴私以示天下不安？……吾辈往日之业，至今且全堕矣，谁实为之？吾辈安得默尔而息也？”“五年以来，当局恶贯已盈，道路侧目。”