偏爱孙霸，竟让鲁王与太子同处一宫，同等待遇，就人为地制造出了宫廷矛盾。一部分大臣认为“礼秩宜异”，他又轻率地诏令二子分宫，各置僚属。孙霸觊觎皇太子位份，私下里拉帮结派，培植死党。循礼还是循私，拥长还是拥少，朝内朝外的文官武将分成了两派。眼看孙霸谋夺太子位的野心越来越昭然，拥长派的时任丞相陆逊、太常顾谭、太子太傅吾粲等多次陈述长少之义，力主礼不可夺。孙权却听信拥少派的全寄、杨竺“譖诉日兴”，将吾粲下狱诛杀，将顾谭流放到僻远的交州（今广东番禺）。

    长少争斗愈演愈烈，使孙权深感“子弟不睦，臣下分部，将有袁氏之败”，他就产生了“改嗣之规”。赤乌九年（246），不问是非曲直，先幽闭了太子孙和。拥长派的朱据、屈晃、陈正、陈象等上书“固谏不止”，“权大怒，族株正、象，据、晃牵入殿，杖一百”。还派宦官去责备陆逊，致令功勋卓著的陆逊忧愤成疾而死。到赤乌十三年（250），进一步废除太子孙和，群臣由于进谏遭到诛杀或流放的多达数十人，“众咸冤之”。同时又将孙霸赐死，拥少派的全寄、吴安、孙奇、杨竺等也以“阴共附霸，图危太子”治罪，寄、安、奇尽诛，“流竺尸于江”。然后改立少子孙亮为太子，孙亮当时才十岁，“童孺而无贤辅，其替位不终，必然之势也”。继承人这样换来换去，亲生儿子或废或杀，株连诛、放的大臣好几十个，致令吴国大伤元气，都是孙权仗恃皇权独断专行惹的祸。所以裴松之拿晚年孙权与袁绍、刘表进行比较，抨击他“既以（已）立和而复宠霸，坐生乱阶，自构家祸，方之袁、刘，昏悖甚矣”。

    废孙和、杀孙霸、立孙亮两年后，太元二年（252）夏四月，孙权死，时年71岁。死后28年间，吴国经历了孙亮、孙休、孙皓三个后嗣之主，于公元280年被西晋所灭，三国分峙的历史由兹划上了句号。纵观孙权的一生行状，早年、中年不愧为一代雄略之主，韬略和功业仅次于曹操，刘备不能比并；晚年则是一个昏暴帝王，昏过了袁绍，暴过了曹操，刘备没有他这样的毛病。假若曹操晚于他，未必还会兴叹“生子当如孙仲谋”。南宋词人辛弃疾一再讴歌“千古江山，英雄无觅，孙仲谋处”，“生子当如孙仲谋”，也只是敬佩他“年少万兜鍪，坐断东南战未休；天下英雄谁敌手？曹刘”，有感于赵氏小朝廷的无作为而发。撇开“生子”的寄托，只看孙权的一生，判若两人实为一人，岂止是封建帝王才可以引为鉴戒？扯远了，不说他。