明军前锋查大受，几下子就给打得全军覆没。日军主帅黑田长政当机立断，就在碧蹄馆设伏，就地歼灭明军。查大受的先头部队，一下子遭到数万日军包围，但明军士气高昂，用“车阵”迎战，且不断用骑兵发起反冲锋，战斗打了一天一夜，几万日军竟吃不下这支明军小部队。就在僵持不下间，不明情况的明军提督李如松率亲兵侦察前线，竟然一头撞进了碧蹄馆，和查大受一起被日军包围。“捞了彩票”的日军欣喜若狂，立刻集中兵力发起冲锋，意图“擒贼先擒王”。久经沙场的李如松毫不慌乱，出乎日军意料，劣势兵力下，李如松反而发起了反冲锋，以3000骑兵向数万日军攻击。日军猝不及防，包围圈一下子被冲开了口子，李如松趁机率部突围，日军紧紧围困，不断缠斗，恶战从一月二十六日早晨打到黄昏，李如松冲不出去，日军攻不上来，双方陷入僵持。此时，李如松部将杨元得悉情况，率1000骑兵从外围发起攻击，筋疲力尽的日军登时大溃，李如松趁机突围而出，一场惨烈的遭遇战就此结束。

    碧蹄馆之战，明军前后共动用兵力5000，并非大规模战斗，但战斗过程却异常艰辛，李如松在战后的奏报里称自己被“围匝数重”，可谓艰苦之至。明军伤亡过半，但日军的情况更惨，仅黑田长政上报的阵亡名单，将领就有30人，士兵数目高达8000人。这场日军苦心发动的围歼战，并未阻止明军进攻的脚步。碧蹄馆一战死里逃生让李如松明白，日军实力犹存，很难一下消灭，因此他开始用奇计，先是在二月，派数十敢死队奇袭王京城外的龙山，将侵朝日军的粮食全部被烧毁。断粮的日军无奈，在四月退出王京，同时遣使至北京，请求“和平谈判”。明朝方面，从内阁大学士赵志皋到兵部尚书石星，都建议明军尽早结束战争，次辅张位更以永乐时期征越南一事为例，建议明军谨防陷入朝鲜战争泥潭。见日本服软，万历皇帝也表态愿意和谈，双方起初达成协议，日军撤出朝鲜，只留少量兵力驻扎朝鲜沿海，明朝军队也只留6000人驻朝，其余撤回国内。朝鲜战争的第一阶段就此结束。

    但丰臣秀吉不是真心和谈，只不过利用和谈做幌子借机备战。双方使者往来密切，日方也假意接受了明军的三大和平条件：册封丰臣秀吉为明朝藩属日本国王，从朝鲜撤军，放还掳掠的朝鲜官民。实际上，从公元1593年四月停战起，日本就开始了新一轮备战。公元1593年六月丰臣秀吉颁布了“从军法”，规定凡年满16岁男性都要服兵役，同时大力购买马匹，在朝鲜沿海和日本本土训练骑兵。公元1594年八月，丰臣秀吉更用重金收买葡萄牙人，得到了葡萄牙当时的主力战船“蜈蚣船”，并下令仿制演练。公元1596年九月，依照先前和日本达成的“和平协议”，明朝使者杨方亨至日本“册封”丰臣秀吉。自以为实力大增的丰臣秀吉，此时终于露出了獠牙，他先是当众羞辱明朝使者，将明朝使者驱逐出境，继而又行反间计，在朝鲜散步谣言，说朝鲜水师大将李舜臣要造反，导致李舜臣被下牢狱。公元1597年一月，丰臣秀吉再次出兵，派15万大军侵朝，朝鲜战争风云再起。

    不巧的是，这次日本侵朝，明朝国内又有战事，西南播州土司杨应龙造反，明朝正在全力镇压。因此日军压境朝鲜时，驻朝明军仅有6000多人。朝鲜方面还是一如既往地不经打，日军势如破竹，再次逼近王京。碧蹄馆之战中救李如松突围的杨元死守南元，几乎全军覆没，危急关头，由解生统领的2000蓟州兵（戚继光当年在蓟州练兵的骨血）死守稷山，与2万日军血战，成功将日军打退，为明王朝稳住了战局。此时李如松已去世，明朝以兵部侍郎刑玠为蓟辽总督，麻贵为备倭总兵，杨镐为朝鲜军务经略，率4万大军入朝。

    明军于公元1597年十月入朝，先攻打星州不克，继而在青州设伏