熊廷弼得以复职，以辽东经略的身份再次主持辽东防务。这次他的阻力更大，辽东当地的15万军队，都集中在巡抚王化贞手中。熊廷弼能调动的部队不过5000人。到任后的熊廷弼，很快就被王化贞彻底架空，王化贞的想法和熊廷弼完全相反，他主张收买努尔哈赤左右，里应外合，主动出击，迅速歼灭努尔哈赤。不但这样想他还这样做，拉拢了努尔哈赤身边的降将李永芳，谁知道努尔哈赤将计就计，利用李永芳，策反了王化贞身边的亲信将军。次年正月十八日，在确定熊廷弼被架空后，努尔哈赤再次发动了大规模进攻，将之前满嘴跑火车的王化贞打得全军覆没，里应外合一举拿下广宁城，幸亏熊廷弼带5000士兵阻击断后，才保护着当地十几万边民以及王化贞本人撤入山海关，免遭敌人屠杀。事后明王朝不分青红皂白，将两人一起下牢狱。熊廷弼之所以眼睁睁看着王化贞胡搞，不是他没能耐，实在是王化贞后台太硬，他的坐师，就是东林党的“托塔天王”叶向高。两次交恶东林党，第一次被骂走，第二次被陪绑，东林党真是熊廷弼的霉头。

    东林党没想到的是，熊廷弼也成了东林党的霉头。天启四年（公元1624年）四月，东林党在与魏忠贤“阉党”的争斗里已是下风，多名同僚遭排挤，要害部门也被魏忠贤亲信把持，刚直的杨涟决定冒死一搏，弹劾魏忠贤，结果反被天启皇帝下狱。魏忠贤决定彻底肃清东林党，此时被关押在牢狱里的熊廷弼，就是最好的由头。结果魏忠贤兴起“辽案”，和东林党对骂了一辈子的熊廷弼“被东林党”，杨涟等人全成了他的同伙。之后东林党多人被迫害致死，魏忠贤权倾朝野。被东林党坑了两次的熊廷弼，反倒成了东林党覆灭的导火索。