护锦衣卫，又会受到言官的指责。朱棣最痛恨的是周新放跑了他一心要抓到的朱允蚊，虽然这是纪纲平空给周新安上的罪名，但朱棣却深信不疑。自他登基以来，对朱允蚊的臣下，已经进行了大规模的杀戮，但唯恐还有一些同情者漏掉，所以只要听说谁与朱允蚊有牵连，他是定斩不饶的。纪纲正是抓住了他的这个心理特点，因而一告便准。但朱棣绝没想到一个小小按察使竟会惊动这么多朝臣来替他说话，现在如果冒然杀掉周新，说不定会引起一场轩然大波，因此他几次提起朱笔又都轻轻地放下了。左右权衡一时拿不定主意，就站起来在殿内来回踱步。

    仪天殿是建在一个小岛上的，这个小岛就是今天的北海团城，四面临水。他站在窗前向北望去，琼华岛上的广寒殿，殿宇巍峨，万绿围绕，斗拱飞檐时隐时现，真如一座仙宫一般。仪天殿下，太液池碧波潋滟，一阵清风徐来，把池中的水气夹杂着山上奇花的芳香送进殿中，令人心旷神怡。面对这一片绚丽景致，朱棣忽然动了侧隐之心，想起周新二十余年忠贞秉正，倒也值得可怜，不如顺乎人心，将他放出官复原职罢了。这时他才记起，上次审讯时，曾嘱咐周新写一道谢罪本章，不知是否交上来了。如果谢表已经送来，正好顺水推舟，赦他出去。于是，他喊声“内侍！”立即有两名司礼监秉笔太监走进殿来候旨。朱棣问：“周新的奏章可曾送进来？”太监小心翼翼地回答：“已经送进来了。”朱棣有些不满地说：“为什么不随周新案卷一齐呈报？”太监回禀道：“臣看周新的奏章，以为内中多有忌讳，没敢呈送。”朱棣把脸一沉说：“大胆，还不速速取来？”那位太监有些慌乱地叩了一个头，赶紧把周新的奏折取来交给了朱棣。朱棣展开奏折，见折子中的蝇头小楷写得工工整整，字迹苍劲有力，不知道的人绝不会相信这是一个遍身棒伤的人写的，不觉点了点头。但他看到奏折中的内容时，却越看越生气。原来周新在折中没有一句谢罪的话，反而建议削减锦衣卫官员到京师以外各省去缉查案件。这分明要断皇帝的耳目，减弱皇权。朱棣不能忍耐了，他把周新的奏折狠狠地摔在了地下，提起朱笔，刷刷地写下了“以逆臣罪名，立即处斩周新”的上谕。

    五天以后，刑部遵照朱棣的旨意要对周新行刑了。京师百姓，纷纷嗟叹，杭州来的父老备了香案，在刑车必经之路上，跪着给周臬台送行。六部言官中那些刚正之臣本为周新鸣冤。这些奏本一概被朱棣留中不发。七月中旬，天阴雨湿，愁云惨淡。周新的刑车在数百名带刀护卫的簇拥下，开往西四牌楼刑场。一路上，百姓们备酒，捻香泣送忠良。周新此时已经过一番梳洗打扮，虽然脸上伤痕累累，却依然神采奕奕，双目凝光，面情庄重，边走边向跪在街道两侧的百姓们点头致意。刑车快到刑场时，杭州父老们拥了上来，把一束大红绸子披在了周臬台身上，他们一个个泣不成声，呜呜咽咽地说：“周大人，杭州百姓给您送行来了。愿您英灵永在，神魂早升天际。”一番话说得两侧围观的人无不泪如雨下。

    车到刑场，周新从容地走下车来，整了整衣冠，对着西北皇城方向恭恭敬敬的叩了三个头，算是与皇帝拜别。又转过身来向着南方自己故乡南海的方向叩了三个头，口称“老母在上，儿臣在此尽忠了。”拜罢仰天长叹，厉声高呼“周新生为直臣，死当做直鬼。”说罢慷慨就戮。其从容的姿态直到数年后还被京师目睹的父老赞叹。

    朱棣杀了周新后，心中也很不是滋味，因为上至都察院，下至六部言官纷纷为周新鸣冤，扰得他一个多月不得安宁。还是纪纲出来，以锦衣卫的名义发了一道文告，谁要是再替周新说话，就与周新同等论罪，才将这场风波压下去。自此以后，明朝官场中形成了一种风气，锦衣卫官员可以左右六部九卿。这就造成了以后正统、天顺年间锦衣卫都指挥使门达、逯果专权，嘉靖