馆藏经典书籍等重要文物文献。但是，李济一直遗憾，没有找到“北京人头骨”。

    1937年，在殷墟第15次发掘收工后仅18天，“卢沟桥事变”爆发。因为李济从1934年起接替傅斯年担任中央博物院（中博）筹备处主任，“史语所”与“中博”向西南搬迁之事，便由傅斯年交与李济负责。“史语所”搬迁的第一站是经武汉到长沙，在那里只停留了3个月，因为日机不断轰炸，决定继续西迁至昆明。

    在搬迁西南之前，考古组发生了一件空前的事：好几位青年人纷纷投笔从戎，离开了“史语所”。李济为此心情矛盾：一方面安阳发掘的成绩太重要，但研究工作还未正式展开，人员散去了，将来怎么办？另一方面，大敌当前，连自己都萌生前线杀敌的念头，何况这些热血青年？1937年初冬的一天，在长沙公路边一个小饭店里，李济、董作宾、梁思永等全体人员都在这里喝了饯别酒，送走了尹达、祁延霈、王湘等人。他们大多数后来去了延安，所以这一次分手后他们就再也没见过面。

    从桂林经越南辗转到了昆明后，“史语所”在这里安顿了两年。此间李济最欣慰的一件事就是吴金鼎、曾昭（注：曾国藩的曾孙女，60年代自杀）、夏鼐等从英国返回昆明，成为中国考古界的新生力量。

    1940年冬，因滇越线战事吃紧，“史语所”、“中博”又迁离昆明，到达四川宜宾的李庄镇。

    李庄六年，是抗战时期“史语所”和“中博”相对安定的一段日子。在李庄还有一段小插曲。一次搬运时，不巧撞坏了一个木箱，里面的人头骨和体骨标本全都暴露无遗。当时农民一片哗然，加之此前有位来自广东的同事打了条蛇吃以解馋，当地人便传说这个机关不光吃蛇“还吃人”。后来只好由李济与所长傅斯年等人出面，邀请当地官员和地方乡绅座谈，再三向他们解释研究人骨的意义，请他们对民众做些必要的解释，这才化解了一场危机。

    1941年12月，日军侵占香港，“史语所”原存香港的文物，全部损失；次年3月，日军侵占长沙，“史语所”存在那里的文物也悉告损失，这让李济痛惜不已。不仅如此，因为医疗条件太差，他的两个女儿鹤徵和凤徵，分别在1939年和1942年在昆明和李庄病逝，凤徵去世时才17岁。对李济来说，那真是一段内忧外患的日子。李济夫妇一生生育了四个孩子，大女儿幼时便夭折，这样，只剩下了一个男孩子。他们后来把舅舅家的孩子过继来，取名“光周”，李光周后来也成为一个考古学家。

    1945年8月，日本投降后，李济以专家身份被派参加中国驻日代表团，赴日本各地调查战时被日本掠夺的中国文物，虽然取得了一定成绩，但李济五次寻找“北京人头骨”而未果，他以此为终生憾事。

    1948年12月，中研院史语所由南京直迁台湾，所里全部图书、仪器、标本共装了上千箱，连同故宫、“中博”的重要文物一并船运。那时许多文物刚从大后方运回南京，还来不及开箱，又要搬到台湾。

    安阳殷墟文物也在转移之列，李济是这次的押运人。很多人反对文物搬迁，李济也很矛盾，但他的第一考虑是保护文物，他说：要文物是安全的，去哪个地方无所谓。有人劝他不要跟着船走，怕危险，但他不听。那时候很多知识分子还对国共和谈抱有希望，想着躲避一段战火，等安定后再继续从事自己的研究。