事的肖望之、周堪的意见，引起肖、周等正直派官员的反对。于是朝中形成了以弘、石为首的中书势力和以肖、周为首的正直势力的对立局面。双方明争暗斗，越演越烈。

    肖、周向元帝提出废除中书机构，试图根除石显等一伙奸佞势力。元帝性格柔弱，采取折衷态度，对废除中书之议久置不决。而石显、弘恭则及时行动，数次设计，先是逼肖望之自杀，后又气死了周堪。虽说元帝怜惜师傅，而且还把周堪的职位加在石显之上，但是终因识不破石显的计谋，而石氏又稳操实权，未能保住师傅的地位、性命。从此正直派官员失去了首领，更处于被动和困难境地。

    正直派失败后，朝中有一名郎官，名京房，他见石显专权，吏治败坏，就制订了一套清明吏治的奖惩方案，名曰“考功课吏法”。元帝很赏识这套方案。但京房深知要推行其法，必须首先除掉石显。在一次晏见时，京房向元帝提出一连串发问，做了一次深入透彻的进谏。京房问：“周幽王、厉王为何危身亡位？他们任用的什么人？”元帝说：“君主糊涂，用的是巧佞人。”京房又问：“知道巧佞而任用呢还是以为他们贤明？”元帝说：“当然是认为他们贤明。”京房接着问：“那么后人为何知道他们不贤明？”元帝说：“后人看到乱世亡君的恶果，所以知道不贤明。”京房说：“这么说来，是任贤必治，任佞必乱。那么幽、厉为何不觉悟，为何一直任用佞臣，以致搞得国破身亡？”元帝回答：“面临乱亡的君主都自以为任用的臣是贤臣，若都觉悟，天下哪里还会有昏君呢！”京房把话锋一转，问：“那么陛下观当今天下是治世还是乱世？”元帝毫不隐讳地说：“也算是极其混乱了，还有什么说的。”京房又问：“那么当今陛下任用的是何人？”元帝支吾其词：“……话不能这么讲，今天虽然混乱，比幽、厉时还算好些；况且这与用人没有关系。”京房感慨地指出：“陛下，前代君主就是这样看待他那个时代的，臣恐怕后人评论今天，也像我们今天评论前代一样啊。”元帝沉默了。好一会儿才说话，他问：“那么，你说今天为奸行佞的乱臣是谁？”京房回答：“明主自己应该知道。”元帝说：“朕不知道。如果知道，朕为何还要用他？”京房说：“臣所说的，就是陛下所最信任、共同在帷幄中密图大事、掌握天下用人权的那个人。”元帝明白京房指的是石显，于是说：“朕已知晓。”

    京房这番忠谏，可谓语重心长，发人深思，但京房退后，元帝信用石显一如既往。因为石显已经用各种狡诈手段骗得了元帝对他牢不可破的宠信，石显对元帝骗得越深，元帝对石显越信任，后来干脆把朝政一股脑推予石显。事无大小，都由石显汇报，也多由石显裁决。石显贵幸倾朝，文武百官都敬畏他。继肖望之、周堪、张猛死后，石显为排除异己，又陆续害死京房、郑弘、张博、贾捐之、苏建等人，并迫害陈咸、朱云、王章等多人。由于元帝过于宠信石显，石显总以中书（尚书）权力侵夺朝权，渐使汉代尚书机构权力重起来。石显凭借尚书权，不断清除政敌，入狱的入狱，服刑的服刑，有的免官归野，有的合家流放，不少人被推上断头台。上至公卿下至郎吏的满朝官员，无不畏惧以石显为首的中书势力，处处小心谨慎，甚至连走路时抬腿落足也不敢稍有疏忽大意。

    三、选策安边胡汉和亲

    元帝在位期间，匈奴已经衰落，边郡比较平安，不过偶尔也会出现一些小摩擦。对于如何处理边郡问题，元帝总是召集群臣讨论，而往往采取在争辩中占上风的意见和主张。

    武帝开拓汉域南疆时，曾在今海南岛设置珠崖、儋耳二郡，由于汉朝官吏对当地人民进行残酷压迫，经常激起武装反抗。元帝即位的次年，珠崖山南县起兵反汉，连年不能平定。元帝召集群臣讨论，拟调重兵前往镇压。后元帝采纳多数派代表贾捐之的主张