来包围洛阳。董卓因受关东军的威胁，挟持献帝由洛阳迁都长安。这时，王允任司徒，主持具体政务。他表面上依附董卓，暗中心向汉室，团结了一批朝中官员。

    初平二年（公元191年），关东诸侯为了争夺政治上的领导权，以袁绍、韩馥为首，倡议立幽州牧刘虞为帝。但这个建议遭到袁术、曹操的反对，最后作罢。这时刘虞的儿子刘和在长安献帝处任侍中。献帝想凭借关东军的力量还都洛阳，以摆脱董卓的控制，就派刘和潜出武关求援。但这时关东州郡牧守正热衷于互相兼并以壮大自己的力量，扩张地盘，无意西讨董卓。长安方面就转而依靠内部的力量来推翻董卓。

    初平三年（公元192年），司徒王允与司隶校尉黄琬、仆射士孙瑞、中郎将吕布密谋刺杀董卓。吕布本为董卓的亲信，曾结过义父子关系。董卓性格暴烈，有一次吕布为一桩小事违背了董卓的意图，董卓拔出手戟就向吕布投去。吕布慌忙躲开，事后又向董卓俯身请罪，才算作罢。由此二人有了隔阂。王允请吕布为内应刺杀董卓。董卓死后，王允录尚书事，吕布晋升为奋威将军，二人共同主持朝政。王允得手后，骄傲自满，加上气量狭小，未能维持住关中的局势。后王允被杀，献帝又落入李傕、郭汜等的手中。

    兴平元年（公元194年），三辅大旱，谷价腾贵，一斛谷值钱50万，长安城中人吃人。献帝命令侍御史侯汶出太仓米豆煮粥救济穷人，仍然报告说有很多人饿死。献帝怀疑侯汶搞鬼，派人取米、豆各五升熬成粥，只有两盆。原来确实是侯汶贪污，于是责打侯汶50大棍。长安城中饥民终于得到了活命。对这件事，后来的历史学家评论说：“献帝看来不是昏庸无能之辈，而之所以失去天下，是因为威权已去，小恩小惠不足以收买民心。”

    兴平二年（公元195年），李傕、郭汜发生内讧，在长安城中各自拥兵相攻。献帝派尚书、侍中去为李、郭二人和解，二人不从。为了争得政治上的主动权，郭汜阴谋将献帝劫持到自己的军营，不料未等郭汜下手，消息已经走漏，李傕抢在前面，派兵将献帝、皇后、宫人及大臣们劫去。李傕、郭汜相攻连月，死者万数，长安城一片废墟。不久，献帝在原李傕部将杨奉、牛辅部曲董承等的护卫下，摆脱了李、郭的控制，逃往弘农。又辗转东行，于次年（建安元年，公元196年）到达洛阳。

    这时中原地区袁绍和曹操两大势力正进行着频繁的政治和军事斗争，孙策占据了江东，刘表占据了荆州，刘璋割据益州，凉州为韩遂、马腾占有，公孙度盘踞辽东。献帝东还，无疑是一面可利用的旗帜。曹操抢先率军进驻洛阳，取得了“挟天子以令诸侯”的地位。接着，他挟持献帝迁都许昌。

    献帝当然不甘心于傀儡的地位。他写好密诏，让车骑将军董承于衣带中藏好带出，命令宗室刘备、长水校尉种辑、将军吴子兰、王服等密谋除去曹操。到第二年春天（建安五年，公元200年），董承等密谋泄漏，为曹操所杀。到建安12年（公元207年），曹操基本上统一了北方。第二年，曹操置三官署，置丞相、御史大夫，曹操自为丞相。

    曹操残杀异己的行为使献帝伏皇后感到震惊，于是写信给她的父亲伏完，尽数曹操残暴之状，请父亲做推翻曹操的准备，但伏完始终未敢行动。至建安十九年（公元214年），伏皇后密信被泄漏。曹操闻知，命令献帝废除伏皇后，并代献帝写好了废除伏皇后的诏书。接着，派御史大夫郗虑拿着诏书，同尚书令华歆一起带兵包围皇宫搜捕皇后。伏皇后藏在宫中的夹墙里，被华歆拖出。这时献帝在外殿陪郗虑坐着。伏皇后披头散发赤脚走出，向献帝哭诉：“你就不能为我求个活命吗？”献帝叹了一口气，说：“我也不知自己的生命何时终了呢！”回过头来对郗虑说：“郗公！天下哪有这个道理！”郗虑等