在这里，李景隆不敢来攻。我若率军去援救永平，他准会乘虚而入来攻打北平。到那时我再回师北平，内外夹击，李景隆就大败无疑了。”但诸将都感到北平守兵太少，不敢冒此危险怕丢了根本之地。朱棣说：“城中之众，以战则不足，以守则有余。我此去不只为救永平，还要引诱李景隆来就擒，一举而两得。”

    九月，朱棣依计率燕军赴援永平。临行时再三告诫留守北平的长子朱高炽说：“李景隆杀来，只宜坚守，不能出战。”他临走时，又故意撤去了芦沟桥上的守兵，以引诱李景隆深入。李景隆不知是计，听说朱棣已率师援救永平，果然于十月匆匆忙忙驱兵直杀北平而来。大军过芦沟桥时，没见一个兵士守卫，便喜不自胜地说：“不守此桥，我看他是无能为力了。”真以为北平唾手可得，遂命大军直遥北平城下。

    朱高炽严遵父命，督师固守，连城中的妇女也被动员出来参战。李景隆所统率的南军，却号令不严，指挥不当。兵马虽众，但胆小怕死，不敢向前。惟有都督瞿能，勇敢善战，亲自与两个儿子率领千余精骑，直攻张掖门。眼见就要大功告成，登上城门。但李景隆满怀忌恨，惟恐瞿能父子得了头功，在需要增援时，不仅不发援兵，反而勒令缓攻。燕军藉此喘息机会，连夜泼水于城墙，天寒地冻，第二天城墙上挂遍冰凌，无法登攀，南军就这样失去了攻城的机会。

    朱棣在击败永平的辽东军队，又设计攻破另一重镇大宁，收编了大批军队之后，回师北平，与坚守在城内的长子高炽里应外合，发起了对南军的全面反击，李景隆哪里抵挡得住燕军潮水般的攻击，由于害怕，竟独自连夜逃往德州。南军将士见主帅已逃亡，也无心再战，丢下粮草兵械，纷纷溃降。

    李景隆兵败北平的消息传到京师后，被黄子澄暗暗匿住。他怕承担误荐之责，竟向惠帝谎奏景隆北平交战获胜，因天寒难以用兵，暂退德州，待明春再战。

    惠帝信以为真，喜不自胜，即封李景隆为太子太师。李景隆因祸得福，转危为安，对黄子澄自然是感激不尽。建文二年（公元1400年）四月，李景隆在惠帝的多次催促下，不得不誓师德州，率兵60万与朱棣于白沟河（今河北省雄县北）展开决战。这场恶战，两军只杀得山摇地动，日暗天昏，结果李景隆又遭惨败。南军被杀死、蹂躏和溺死者达十几万，横尸百里，惨不忍睹。战乱之中，李景隆又潜逃德州，他连御赐的玺书、斧铖也给丢弃了。南军抛弃的器械辎重好似山积。

    朱棣乘胜追击，兵围德州。李景隆又弃德州，逃命于济南。朱棣还是尾追不舍。李景隆只得仓猝迎战。十几万南军布阵未定，就被燕军冲垮。

    建文四年五月，燕兵过关斩将，向南节节推进。在击败扼守淮河南岸的盛庸军队之后，乘胜渡过淮水，攻下扬州、高邮、通州（今江苏南通）、泰州等江北重地后，屯兵镇江，休养数日，待机进击京城。

    惠帝见大势已去，只得派人前去北营前求和，可是这时的朱棣根本不予理睬，挥兵直逼金陵城下。这时李景隆和朱棣的弟弟谷王朱橞正在京城内率兵把守金川门，他们见朱棣已兵临城下，便开门迎降，燕兵即刻冲入金陵。

    燕兵入城，惠帝去向何处？其说有二，各有道理，但又难以定论，遂成为明史一大疑案。

    一说，当燕王朱棣“靖难军”打入京师，惠帝闻报，命人点起大火，含泪偕同皇后等投火自尽。

    二说，认为惠帝并没有“阖宫自焚”，而是化装由地道逃出京城，以后乘舟远去，隐姓埋名，剃度为僧，在江浙一带上岸之后，浪迹天涯数10年，云游于滇、黔、巴、蜀之间。史载朱棣即位后，自1405年始，派太监郑和率领庞大的船队七下西洋，不只为加强中外经济文化交流，还带有寻找惠帝踪迹，以防后患的秘密使命。