载立案，实行一件，注销一件；另一本则送内阁稽考，同时，各科、部、院之间也相互制约和监督，使各级官吏都不敢敷衍塞责。这项改革在当时可谓轰轰烈烈、朝野震动。吏治与办事效率有了明显改观，使中央政令“虽万里外，朝下而夕奉行”，为其他改革的推行，奠定了基础。

    这其中首先就包括经济方面的改革。万历初年，国家财政已露崩溃之象，无论朝野都十分忧虑。张居正从万历元年（公元1573年）开始，一面主持裁减冗官冗费，另一面也开始控制皇室费用，减少开支。万历五年，张居正提议清查丈量全国各类土地，实现“开源”，增加生产。到万历九年，土地丈量完毕，共查实田地700多万顷，比弘治时多出300万顷。在此基础上，张居正吸取了早在嘉、隆年间就在一些地区施行的“一条鞭法”，在全国范围内推行。这个制度后来被称为我国赋税史上的一次大改革。它的基本内容有四点：（1）统一役法，并部分地“摊丁入地”，不再区别银差和力役，一律征银。（2）田赋及其他土贡方物一律征银。（3）以县为单位计算赋役数目。（4）赋役银由地方官直接征收。这次改革，对生产和货币经济的发展，都起了重要作用。

    此外的重要改革，是整饬军备，加强边防。在蓟州一带，张居正继续重用著名抗倭将领戚继光镇守。使东起山海关、西至居庸关长城一带的边防异常整肃，后人称戚继光镇守蓟州16年，“边备修饬，蓟州宴然”。在辽东，重用能征善战的大将李成梁任总兵官。万历二年十月，李成梁率部一举击溃为害边境的建州卫部落，斩女真都指挥王杲以下1100余人，取得了有名的“辽东大捷”。在北部的宣府、大同以及西至延绥、宁夏一带，任用王崇古为总督，对蒙古采取安抚睦邻政策。对军事上的这些改革、特别是选用将领，确保了明王朝边防的巩固。对此神宗也十分满意，他曾为此褒扬张居正说：“先生公忠为国，所用的人没有不当的。”

    然而这种情况在万历十年后发生了变化。这一年六月，张居正去世。神宗得到消息最初是十分悲痛的。他特意下诏罢朝数日致哀，赠张居正上柱国的荣衔，赐谥文忠公，并命四品京卿、锦衣卫堂官、司礼太监等人护送归葬江陵。身后的恩礼如此隆重，在明朝历代的臣僚中，都是极罕见的。但是不久，万历的态度却来了个180度的大转弯，造成了说不尽的是非恩怨。

    事情起因于太监冯保被逐。早些年，冯保曾将极受万历宠信的太监张诚赶出宫去。万历对此十分难过，所以就恨造成这一事端的冯保和张居正。张诚拜辞时，万历暗中交待他离宫后要留意探明冯、张二人的劣迹。冯保的威福自恣已是出了名的，就是张居正，人虽能干，政务上也很有建树，但却远未做到廉洁自好，他招权树党、收受贿赂，甚至侵吞国库资产等，也是有的。这一切，都被张诚探了个清清楚楚。张居正死后，张诚重新进宫，便尽其所知一一陈奏，同时，建议万历先由冯保开刀，将其逐出宫去。查没其财物。这次对冯保的查抄，万历得金银100余万、珠宝无数，结结实实地尝了次查抄的甜头。

    冯保被抄后，神宗受更大贪欲的驱使，决心通过清算张居正，一方面树立自己的权威，达到总揽朝纲的目的；另一方面，也敛聚些钱财。这时，恰有陕西道御史杨四知上疏参奏张居正14条罪状，神宗立即批示说，朕这么信任、尊宠张居正，他却不思尽忠报国，借机谋私，有负朕的宠信，着令查处。万历十一年三月，神宗下令追夺张居正上柱国、太师荣衔，接着，又下令追夺文忠公谥，并革去其两子的官职。查抄钦差到达之前，先派人告知了荆州知府、江陵知县，将张家人口赶到空房子里看守。等到钦差到时，张家被锁的人饿死的已有10多口。查抄的结果，却只得黄金1万余两、白银十几万两，算不上什么巨富。钦差感到