张撤藩的明珠等人以谢叛逆。年轻的康熙皇帝临危不惧，严厉驳斥了这些护藩的论调。他说：“三藩势焰日炽，撤亦反，不撤亦反，因此决不仿效汉景帝诛晁错以平七国之乱的做法。”随后，康熙下达了武装平叛的命令。

    这时其他两藩也举起了反旗，一时战火燃遍了大半个中国。康熙认为吴三桂是三藩之乱的祸首，灭掉吴三桂，其他叛军就会不打自散，于是他确定了重点打击吴三桂的策略。康熙任命勒尔锦为靖寇大将军，命令他由湖南进剿叛军，严防叛军东犯湖广；又派将军瓦尔洛进驻四川，断绝叛军入蜀之路；同时命莫洛率兵驻扎西安，阻止叛军进兵西北。

    曾经嚣张一时的吴三桂在康熙周密的布署和接连打击之下，见大势已去，还想垂死挣扎，急急忙忙演出了登基称帝的丑剧。康熙十七年三月，吴三桂派人在衡阳草草修建了百余间庐舍，用黄漆涂刷房顶权做皇宫。三月十八日，吴三桂匆匆登上了临时搭成的祭坛祭祀天地，改国号为周，彻底扔掉“复明”的遮羞布，将自己的狼子野心大白于天下，处境不仅没有好转，反而更加孤立。此时，清军的攻势更加锐不可挡，吴氏小王朝日益陷入内外交困的境地。年已67岁的吴三桂惶惶不可终日，仅仅做了不到5个月的“皇帝”，突患中风噎嗝症死去。吴三桂死后，由儿子吴世璠继皇位。

    康熙十九年年，康熙下令清军分三路进军吴三桂的老巢云南，向叛军发起总攻。不久清军攻入云南，将昆明包围得水泄不通，守军大都投降，吴世璠走投无路，最后只好穿戴着皇帝衣冠服毒自杀。康熙二十年（公元1681年），历时8年、祸及大半个中国的三藩之乱终于被平定了。

    三藩之乱被平定后，康熙决意收复台湾。当时统治台湾的是郑成功12岁的孙子郑克王爽。

    明末国势衰败，兵备废弛，台湾岛遂被乘虚而入的荷兰殖民者占领。康熙元年二月一日，仍在坚持抗清的郑成功收复了被侵略者霸占38年的台湾。就在这一年，郑成功之子郑经在属下的拥立下自称为王，统兵反对郑成功。年仅39岁的郑成功在病中突然遭受如此沉重的打击，忧愤而死。三藩之乱中，郑经曾与耿精忠合谋进攻广东，约定事成后平分天下。耿藩降清之后，郑经仍旧纠合部属骚扰沿海一带，烧杀抢掠，一派海盗行径。郑经这时已经背弃了郑成功据台抗清复明的初衷。在清军的打击下，郑经很快在东南沿海失去了立足之地，率部回到台湾。康熙二十年（公元1681年）郑经死后，他的长子即位，但不久就被侍卫冯锡范等人绞杀。冯锡范又拥立自己的女婿、郑经的幼子郑克王爽为王，篡夺了大权。此时，郑氏集团已经失去了人心，台湾政局动荡不安。

    三藩基本平定后，康熙接受了福建总督姚启圣的建议，决定乘郑氏集团内乱的时机用武力收复台湾。康熙用武力收复台湾的决心已下，任用得力的军事将领便成了当务之急。姚启圣曾经多次保举郑成功旧部施琅任福建水师提督，后来施琅又得到别的大臣的大力推荐。但由于施琅为降将，遭到不少非议。康熙力排众议，于康熙二十年七月向议政大臣们郑重宣布：任命施琅为福建水师提督，加封太子少保。

    施琅走马上任后，立即着手调整兵力，训练水师。为了等待适当的时机，出师时间一拖再拖，转眼到了康熙二十一年，一时群言四起。这期间，施琅与姚启圣又在进剿安排上意见相左，施琅三次上书要求授予他专征权，由他统领军队自行进剿。尽管康熙对一再推迟出兵也有不满，但他没有被舆论左右，考虑到海战须蹈不测风浪，事先很难猜度，他采取了十分慎重的态度。他用人不疑，为了确保战斗胜利，同意了施琅的请求，给予他专征大权。

    康熙二十二年七月，施琅率领2万多名官兵，分乘230多艘战船，直捣澎湖。清军战舰云集海面。争先恐后进攻，