个人私事，不用公章。二者皆由通政司送皇帝，其实到皇帝之前便已由内阁看过了。因此这两种公文都是公开的。这样便有许多局限，有些事情官员不敢公开讲，皇帝便无从知道。所以康熙年间便产生了补救的办法——秘密奏折。秘密奏折是皇帝最为心腹、最相信的人才能用的。所奏内容，风俗民情、地方治安、官员情况、以及气候、粮价、民间琐事无所不包。这种奏折直接送皇帝，别人不得开启。皇帝看完，批示后发回本人保管。但是康熙时期，能用密折奏事者不多，还没有形成严格的密折制度。

    雍正上台后，感到密折是了解下情的最好办法。他首先扩大了可写密折人的范围，令各省督抚皆有此权限。后来又给提督、总兵官、布政使、按察使和学政官员上密折权力。一些中下级官员，经过雍正特许，亦可密折奏事。临时差往地方的官员亦有此权。估计雍正朝先后拥有密折奏事权的可达1000多人。

    密折制度的建立，使雍正更能广辟耳目，对全国上上下下了如指掌。因此，处理各类事情时洞察秋毫，一言中的，加强了行政效率。雍正朝一切大政皆有密折的功劳。耗羡归公，摊丁入亩，改土归流，他皆有周密的调查，有与心腹大臣许多的论证，因此施行起来得心应手。密折又起到了严密控制官员的作用，使官僚人人自警自惕，兢兢业业一心为公，因为他们的所作所为皆逃不脱雍正的眼睛，密折像一根无形的鞭子，驱赶着他们。雍正创立密折制度没有明代东厂之弊，而收东厂之实效。这正是雍正的高明之处。

    雍正的另一创造便是设立军机处。雍正七年（公元1729年），西北对准噶尔用兵。为了更准确、迅速地处理各种军机大事，雍正在他的寝宫养心殿附近设立了军机处。军机处不是一个衙门，没有属员，只是一个临时处置机密军事事务的机构，内设军机大臣和军机章京。军机大臣不是专职，是临时抽调来的、雍正比较信任的官员，原来的职务照兼。军机章京也是抽调来的，仍属原衙门编制，升转在原衙门进行。军机章京是负责文字工作的秘书类人物，雍正以军机处为工具，他的谕旨直接由军机处转发。雍正每天都定时召见军机大臣，有事随时召见，军机大臣常半夜不能休息。

    军机处初设是办理西北军务，后来雍正觉得军机处用得顺手，西北军务完毕，便用来办理国家所有机密事务，所以在雍正手中，军机处已代替了内阁，成为国家实际中枢。凡重要机密之事皆由军机处办，内阁只能办一般性事务。军机处除了承命办事之外，还有为皇帝出谋划策，提供谘询，参加议政的任务。军机大臣是雍正挑选的，统统属于他的亲信，事事秉命于他个人，因此雍正非常牢固地抓住了国家一切权力。

    雍正继位时，清王朝的边疆地区并不安定。首先是青海、西藏动乱不已。青海、西藏地区的蒙古人在康熙时已归顺清朝。由于准噶尔部的挑动，青海的罗卜藏丹津在雍正元年夏天叛乱。他放弃清朝封爵，恢复旧日称号，进攻不跟他走的另外两个蒙古亲王，扣留清朝官员，进攻西宁。雍正听到前方传来的消息，决心武力平叛。谕令川陕总督年羹尧为抚远大将军，主持剿灭军事。年羹尧作了周密部署，雍正元年冬天，连打了几个胜仗，降敌10万。罗卜藏丹津逃到了柴达木。岳钟琪率5000精兵，乘大雪直捣敌巢。第二年二月初八，大败罗卜藏丹津，俘其母亲和妹妹，罗卜藏丹津男扮女装逃往准噶尔。平叛战斗胜利后，清对青海地区加强了统治，设立了青海办事大臣，处理蒙藏民事，下置若干州县，使青海直接隶于中央政府，改变了康熙时对青海间接统治的方法。平叛后，在青海各地开展了屯田，兴办农业水利，对当地少数民族经济发展多方扶持，取得了很大成功。

    西藏地区在康熙时已驱逐了准噶尔势力，并留兵2000人驻守，任命亲清的藏人担任西藏地