为经略，增派军队，和岳钟琪分两路进剿。莎罗奔乞降，大小金川遂告平定。乾隆帝十分高兴，对傅恒优诏褒奖，把他比作平蛮的诸葛武侯，封他为一等忠勇公，岳钟琪封为三等威信公。在凯旋时，乾隆帝命皇长子和诸王大臣郊劳，他亲自在紫光阁行饮至礼，并在丰泽园赐宴随征将士。

    乾隆三十一年（公元1766年），大金川再次叛乱。乾隆帝命四川总督阿尔泰率军往剿，多年无功。乾隆帝下令杀了阿尔泰，另派大学士温福督师，以尚书桂林为总督再征大小金川。用兵数年，劳师靡饷。清兵接连受挫。乾隆三十八年，乾隆帝因温福已战死，桂林无功，遂以阿桂为定西将军，严令剿灭叛匪。乾隆四十一年，阿桂攻克了大金川的最后据点噶尔崖，叛乱被平息。叛乱头目索诺木和莎罗奔率家族20余人出降。阿桂献俘京师，乾隆帝御午门受俘。索诺木和莎罗奔被凌迟处死，其家族人等有的被杀，有的被监禁，有的被发边为奴。乾隆帝封阿桂为一等诚谋英勇公，并画像入紫光阁。此役后，改大金川为阿尔古厅，小金川为美诺厅。

    乾隆二十年，乾隆帝派兵平定准噶尔部的叛乱。康熙帝和雍正帝对准部多次用兵，但未根本解决问题。准部时服时叛，成为清廷一块很大的心病。在厄鲁特蒙古内附后，乾隆帝感到形势有利，遂命班第为定北将军，以归附的阿睦尔撒纳为定边左副将军，分两路向准噶尔部进攻。准噶尔军纷纷投降，接应清军。清军兵不血刃进入伊犁。叛乱头目达瓦齐见势不妙，率数十人往南疆逃窜。南疆维吾尔族各部纷纷响应清军，摆脱准噶尔的统治。达瓦齐逃到乌什，被维吾尔人民擒获，押送清营，继而被解送北京。乾隆帝痛斥了达瓦齐叛国的罪行，但为了照顾民族关系，赦免了他的罪过，还封他为亲王，让他住在北京，给予很好的待遇。

    乾隆帝在平定了达瓦齐的割据势力后，为了削弱准噶尔部的割据势力，把厄鲁特四部封为四汗，使各管所属。但是，阿睦尔撒纳自恃平叛有功，一心想当四部的总汗。乾隆未答应他的这种要求，但给了他特殊的荣宠，晋封他为双亲王，食双俸。他仍不满足，制造分裂的野心恶性膨胀起来。他不穿清朝官服，不挂清朝官印，行文各部“以总汗自处”，积极准备叛乱。乾隆二十年九月，乾隆帝命他到避暑山庄入觐，想调虎离山，消患于未然。阿睦尔撒纳看出了清廷的用意，在半路上逃回，公开打出了叛乱的旗帜。

    叛乱迅速扩大，驻守伊犁的班第兵败被杀。乾隆二十二年，乾隆帝命衮札布为定边将军，出北路；命兆惠为伊犁将军，出西路。清军长驱直入，锐不可挡。阿睦尔撒纳仓皇逃入俄国。后来，他因患天花病死，俄国把他的尸体送给清廷。

    南疆接着又发生了大小和卓木的叛乱。大小和卓木就是霍集占兄弟。他们是南疆的宗教首领，在维吾尔族中有很强的号召力。叛乱爆发后，迅速蔓延，乾隆帝派往南疆的使臣也被杀害。兆惠刚平定了天山北路，乾隆帝又命他立即率军赴南疆平叛。兆惠率领的清军仅3000人，被霍集占率领的1万多叛军围困在黑水。包围历时3个月，叛军始终未能攻破。乾隆帝命驻守乌鲁木齐的将军富德赴南疆增援。霍集占在清军的内外夹攻下迅速土崩瓦解，霍集占兄弟被当地部族所杀，这场叛乱最后被平息。

    乾隆帝鉴于准噶尔部屡次发生叛乱，便于乾隆二十七年在惠远城设伊犁将军，总辖新疆南北两路事务，从而加强了中央政府对新疆的统治。

    乾隆年间，清廷与周边国家也时有战事发生。乾隆帝在平定了大小金川的叛乱后，又命阿桂赴云南，与云贵总督李侍尧勘定中缅边界。因叛乱者有不少人逃往缅甸，乾隆帝命他们整修战备，向缅甸索要叛人。缅王孟驳闻讯十分恐慌，马上遣使奉表入贡，表示愿意献还俘虏，只请求开关互市。乾隆帝答应了缅甸的要求，但缅人只