后，同治帝和孝哲毅皇后相敬如宾，情投意合。孝哲毅皇后不苟言笑，气度端凝，同治帝十分钦佩和敬重。宫中没事的时候，同治帝常常给皇后提问唐诗，皇后都能对答如流，同治帝心中十分喜欢。可是，西太后却不能理解儿子的心情，有意挑拨同治帝和皇后关系，不仅婆媳关系不好，也使母子关系进一步紧张。西太后多次向同治帝说：“皇后太年轻，不懂礼节，皇上不要常到中宫去，以免妨碍政务。”并且极力赞扬慧妃贤惠，要同治帝多加眷爱。不仅如此，西太后还派人时时刻刻监视同治帝。同治帝对其母西太后干涉自己私生活的做法十分不满，偏偏不听母亲的话，索性独自一人居住在乾清宫，以示对母亲的抗议。

    同治十二年（公元1873年）一月二十六日，东西太后归政，同治帝亲政。然而，同治帝仍然没有真正的权力，清朝的大权仍然掌握在西太后手中。同治帝亲政以后，并没有什么政治作为，他用心最多的恐怕就是修复圆明圆一事了。在这件事上，他和母亲西太后意见一致，步调统一，可算是他们母子之间难得的一次谅解。

    修复圆明园殊非易事，工程浩大，耗资甚巨，不仅给清政府的财政带来了巨大的负担，还将引起奢华之风，因此招来一片非议声。这时候，原本就不同意但却未敢极力劝阻的恭亲王奕？不得不出面了。同治十三年七月十六日，奕？上疏，请求同治帝停修圆明园，并指出了同治帝一些不符合祖制的生活作风和行为。如在内宫与太监打闹，出宫游玩，不用心读书等等。奏疏上后，奕？又怕同治帝看不明白，请求皇上召见，同治帝不予理睬。奕？再请，同治帝才于十八日召见了奕？，召见时，奕？将其奏折中所陈诸条反复讲解，同治帝不耐烦地说：“我停工就是了，你何必费这么多口舌呢？”奕？说：“臣所奏很多，不只请求停修圆明园一事。”同治帝更加恼怒，没好气地说：“我这个位子让给你怎么样？”二十九日，同治帝上朝，召集诸王大臣，指责奕？无人臣礼，应当重处。同治帝颁诏尽革恭亲王所任军机大臣及一切差使，交宗人府严议。虽然诸王大臣极力劝阻，但同治帝余怒未消。于三十日又发布谕旨，以“语言之间诸多失仪”为名，革去奕？亲王世袭罔替，降为郡王，仍在军机大臣上行走。八月初一日，又颁布谕旨，以“朋比谋为不轨”为名，尽革恭亲王奕？、醇亲王奕譞等10个人的职务，由此发泄对奕？的不满。两宫太后听到消息，急急忙忙赶到弘德殿，斥责同治帝年少不懂事，同治帝只好撤销了对奕？等人的处罚。经过这场风波，同治帝和西太后也只得放弃了修复圆明园的想法，但却再次提出修建西苑三海为交换条件。至此围绕着修复圆明园的争论才告一段落。

    同治帝虽然名义上是一国之君，但却没有一国之君的尊严和权力。在政治上，同治帝受到西太后的控制，年幼的时候暂且不说，即便是亲政以后也是如此。加之实际上他也没有康熙帝那样年少有为的素质，因此，可以说政治上是一无建树。在生活上，他也受到西太后的无理干涉，丧失了家庭乐趣，这使性格倔强的同治帝十分苦闷和烦恼。于是，同治帝肆意出宫去寻找乐趣。他到处寻花问柳，纵情淫乱，一点也没有国君的样子。长期的淫乱生活使同治帝染上了梅毒，身体垮了下来，同治十三年（公元1874年）十月前后，同治帝感到身体很不舒服，传太医看视。太医看后大吃一惊，知道是淫乱生活所造成的病毒，但却不敢明言，便奏请西太后，西太后心中也明白，但为顾全皇家的声誉，也不好明说，便说是天花。于是太医便用治天花之药给同治帝治病，当然不可能奏效。同治帝十分痛苦，气愤地说：“我的病不是天花，为什么按天花治呢？”此后，同治帝的病情不断加重，身体下部已溃烂，臭不可闻。在同治病重期间，孝哲毅皇后不断到同治帝床前看视，好言劝慰，并亲自为同治帝擦去身上的