滋地重新当上了“保密局”局长。然后，采用“构陷”手段，以通匪罪名枪毙了李宗仁“代总统”时任命的原保密局长徐志道，除掉了心腹大患。一时间，毛人凤踌躇满志，春风得意。他绞尽脑汁，拟定了一个详尽计划，呈报给蒋介石，准备改革军统。

    不过，经历了大陆失败，蒋介石心情异常沉重，对毛人凤的计划首肯之余，心中却在另外盘算。经过一段时间的痛定思痛后，蒋介石开始在国民党内部和军队进行整肃，内中有一条重要“举措”，准备效仿共产党军队也来个“突出政治”。

    为了确保万无一失，蒋介石把党权交给长子蒋经国，让他担任“国防部总政治部”主任。蒋经国的官衔虽不高，权力却超越三军将领，并且，他还挖掘了两项重要权力：监督筹划情报业务；对大陆游击派遣和指挥的活动。而这两项重权，正是毛人凤在击败众多对手后，一手把持的。

    从此，蒋经国大权在握，开始把目标对准老一代军政要员，大力排斥异己。这给毛人凤造成了很大震动。自从蒋经国奉父命搞情报工作以来，他便预感到自己的工作有被取代的危险。果然，陈立夫远走美国后，蒋经国便公开提出军统中统两大特务组织合为一家，严加整肃，统一运筹。得知这些情况后，“我不能交权力，不能交出军统。”毛人凤心中暗暗发誓。

    但是，一贯信奉“忍、等、狠”信条的毛人凤这回却沉不住了。他一反常态，自恃有蒋介石做靠山，居然多次在公开场合甚至国民党的中常委会上，声称：“情报工作是很专业的东西，不能让外行来领导内行。”“戴老板生前就说过，军统是十万人的大家庭……不容易啊！”