清军入关后，为笼络汉人，安抚投降的明军将领，先后分封吴三桂为平西王，耿精忠为靖南王，尚可喜为平南王，分别镇守云南、福建、广东三省，此即为清初“三藩”。他们本为明朝辽东边将，后来降清。或开关迎接清军进入山海关，或为其南征北战，镇压人民的反抗和抗清势力，立有战功。清在北京建立中央政权之后，他们因功被封为王，享受高官厚禄，作为清朝控制南方边远地区的藩篱。他们利用这一机会，保存并扩大自己的实力，拥兵自重，割据一方，恣意妄为，对下鱼肉百姓，对上与中央政府抗衡。

    1673年，康熙帝下撤藩令，欲解除三藩兵权。吴三桂即于十一月间在云南发动叛乱，发出檄文指斥清廷“窃我先朝神器，变我中国冠裳”，声称要“共举大明之文物，悉还中夏之乾坤”。蓄发易衣冠，旗帜皆白色，自称“天下都招讨兵马大元帅”，打起“复明”的旗号，以欺骗人民，很快攻进湖南。不久，广西将军孙延龄、提督主雄等据广西反叛，四川巡抚罗森、提督郑蛟麟等据四川反叛。

    康熙十三年（1674年）三月，耿精忠据福建反叛。不到半年，清廷的滇、黔、湘、川、桂、闽六省全部失掉。康熙十五年二月，尚之信据广东反叛。接着，战乱扩大到赣、陕、甘等省。吴三桂等人反叛的消息传到北京，举朝震动，大学士索额图提出杀掉主张撤藩者的头，取消撤藩令。康熙力排众议，对其他叛乱分子采取招抚拉拢的手法，暂时停撤耿、尚二藩，集中主要力量打击元凶吴三桂。

    康熙下令剥夺吴三桂“平西王”的爵位，杀其子吴梦熊于北京。军事上迅速制定了一套作战计划，讨伐吴三桂。任命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，统率八旗劲旅前往荆州，与吴军隔江对峙。又命安西将军瓦尔喀率骑兵赴蜀，大学士莫洛经略陕西；命康王杰书等率师讨伐耿精忠。又命副都统马哈达领兵驻兖州、扩尔坤领兵驻太原，以备调遣。

    康熙玄烨依据时局，运筹帷幄，以湖南为主战场，坚决打击湖南的叛军。辅以陕、甘、川线和江西、浙东东线，三个战场相互配合，把叛军分割开，同时对西北则采取稳定策略。陕西提督王辅臣，态度暧昧，叛而附，附而又叛，甚至杀害了陕西经略莫洛。康熙以极大的耐心争取他，表示“往事一概不究”，极力安抚，终于在康熙十五年（1676年）把王辅臣争取过来，保住了陕西，使吴三桂打通西北的阴谋未能得逞，清军得以腾出兵力增援南方。清廷又利用耿精忠同郑经的矛盾，多方招抚耿精忠，不久耿归附清廷，清收复福建。尚之信也于康熙十六年五月降服，稳住了广东。

    由于康熙处置得当，吴三桂失去了外援，军事上完全陷于孤立。这样，从康熙十五年起，战争的优势逐渐转到清军方面来了。康熙十七年，战势对叛军更加不利。势穷力竭的吴三桂为了鼓舞士气，于三月在衡州称帝，国号“大周”，改元昭武，改衡州为定天府。但这一招并未起什么作用，他坐困衡州，一筹莫展，八月病死，部将迎其孙即帝位，改元洪化，退居贵阳。

    清军乘势发动攻击，康熙十八年（1679年），清军平岳州、常德、长沙、衡州等地后，恢复了湖南全省，同时收复广西。康熙十九年（1680年），清军克汉中，定成都，取重庆，收复四川。同时，康熙处分了奉命攻打重庆而中道退返荆州的宁南靖寇大将军勒尔锦，命令彰泰为定远平寇大将军，接替指挥，率师由湖南进攻云贵。

    康熙二十年（1681年）正月，清军收复贵州，彰泰开始进入云南，二月，赖塔率师由广西抵云南。九月，清将赵良栋率师由四川至云南，与另二路先期抵达的军队会合，加紧围攻昆明。此时，被清军俘获后发给银粮返还原籍的苗族兵将，纷纷帮助清军。十月，昆明城粮尽援绝，南门守将开门迎降，云贵悉平，“三藩”叛