因为若不是胡适，在蒋介石面前“没有几个人敢说这句话的”。

    胡适所说的“总统你错了”，主要是指不应把学术研究与政治捆绑在一起，“反共抗俄”的所谓“使命”，也不应由“中央研究院”这样的研究机构来承担。胡适说道：“我个人认为，我们学术界和‘中央研究院’挑起‘反共复国’的任务，我们做的工作还是在学术上，我们要提倡学术。”

    面对蒋介石指责五四运动提倡自由主义与打倒孔家店的问题，胡适自是耿耿于怀，并予以反驳。胡说：“对于打倒孔家店一事，恐怕总统是误会了我的意思。我所谓的打倒，是打倒孔家店的权威性、神秘性，世界任何的思想学说，凡是不允许人家怀疑的、批评的，我都要打倒。”蒋介石一听其言，立即怫然变色，站起身便要走，坐在他旁边的一位随行官僚（一说张群，另一说陈诚），悄悄伸手拉住老蒋的衣角示意其坐下，蒋强按怒气勉强坐下，待典礼一结束便迅速离去。

    遥想当年，胡适在一篇名为《介绍我自己的思想》一文中，曾向中国的少年读者宣称：“从前禅宗和尚曾说，‘菩提达摩东来，只要寻一个不受人惑的人。’我这里千言万语，也只是要教人一个不受人惑的方法。被孔丘朱熹牵着鼻子走，固然不算高明，被马克思列宁史（斯）大林牵着鼻子走，也算不得好汉。我自己决不想牵着谁的鼻子走。我只希望尽我的微薄的能力，教我的少年朋友们学一点防身的本领，努力做一个不受人惑的人。”这一点，胡适本人确是做到了。对于这一说法，世人有不同评论，如胡在美国的学生、史家唐德刚就说过，胡适不知不觉地被他的老师杜威这个糟老头子牵着鼻子走了一辈子。唐氏之说或可再讨论，但至少胡在蒋介石集团之间大体的是做到了。

    1959年，作为新任“中央研究院”院长、学界领袖胡适，公开反对蒋介石连任“总统”，对蒋氏为谋求连任而冒天下之大不韪，置党章国法于不顾，欲强行“修宪”的做法更是大加声讨。按1948年制定的《中华民国宪法》，每届总统任期六年，连任不得超过两次。当年拟定《宪法》的张君劢等人考虑到一个没有限期的总统，等同于王朝世袭，因而特别加以限制。跑到台湾的国民党政权仍以中华民国正朔自居，因而当年这部《宪法》仍然发生效力。1954年蒋介石获得第二次连任，到1959年年底已是五年，眼看大限已至，下次选举应该自动退选，但蒋介石与国民党内部一部分拍马溜须者竟置《宪法》于不顾，公然支持蒋介石参选，并欲修改《宪法》。为此，胡适在1960年2月20日公开发表声明，反对蒋介石违背《宪法》三次连任“总统”，并拒绝即将召开的“国大”主席团主席之职。对于胡氏的“犯上”举动，蒋介石大不痛快，其子蒋经国更是异常恼怒，甚至有“收拾”胡的打算，只是忌讳胡适所具有的儒林盟主地位和非凡的国际影响而迟迟不敢动手。端坐在台湾“中央研究院”院长椅子上的老胡适，在强烈呼吁并制止蒋介石连任“总统”的同时，并未忘掉一介书生的本色，于繁杂的公务之余，仍窝在书房对研究了大半生的神会和尚继续穷究细研。1960年2月9日，胡适在“中央研究院”历史语言研究所演讲他的新作《禅宗史的假历史与真历史》。20日，出席“国民大会”第三次会议。3月10日夜，所著《神会和尚语录的第三个敦煌写本：南阳和尚问答杂征义——刘澄集》终于脱稿。正是这部耗损了胡适大量心血的著作，使其在脱稿的当夜即心脏病复发，延至19日，病情加重，不得不入住台大医学院诊治，直至4月5日小痊出院。

    1961年1月28日，台北“国家长期发展科学委员会”举行第五次全体委员会议，时台海危机已趋平缓，台岛内的科技经济在美国的大力援助、扶持下，已摆脱了战后阴影开始复苏，国民党对台湾的统治地位更加