1955年11月，梅贻琦认为实现心中那个“大事因缘”的时机已到，遂接受台湾当局敦请，离美赴台创办清华原子科学研究所，继而创建清华大学，从此在这座前殖民地的孤岛上生根发芽，梅开二度，再次结出了一串丰硕果实。其时，台湾政局虽稳住了阵脚，但财政依然捉襟见肘，特别是外汇储备急需打一针强心剂，以缓解内外交困的压力。众人见梅贻琦到来，如同在阴霾的大山深处看到一个光芒四射的金娃娃，纷纷围将上来欲咬上一口，至少要捞一把油水。许多与此事相干或不相干的官僚、军人和所谓的民意代表，借各种机会对梅进行围殴式质询。梅氏每次在公私场合与这帮乌合之众遭遇，都要捺着性子历述基金保存与使用计划，直折腾得口干舌燥，血压呼呼上蹿，几欲吐血晕倒方休。不知是逃亡孤岛的恐惧，还是狭小窄仄的空间令人心理变态，匪夷所思的是，有几位列军籍的清华校友，不知受了何方、何人的蛊惑与煽动，居然找上门来把梅贻琦团团围住，态度刁蛮地当面提出质询和要求，欲从中啃到一块瘦肉或一碗老汤。此次老鼠动刀——窝里反式的质询与吵闹，给梅贻琦留下了极其恶劣的印象，使他更加认清了部分逃亡者内心的卑鄙龌龊和丑陋，坚定了对基金严管到底和“虽千万人吾往矣”的决心与勇气。

    梅贻琦之所以首先创办原子能研究所，并非一时兴起，实则是长期考虑考察的结果。战后科学界已认识到原子能不仅可以制造骇人听闻的原子弹，把一个广岛、长崎瞬间从地球上抹掉，令数十万生灵登上鬼录，还可能转变为极其丰富的电能造福于人类。1953年，艾森豪威尔总统在联合国发表讲话，抛出了“原子能和平用途推广计划”，目的除了“尽快结束人们思想中对于原子的恐惧”，还可利用这种高效能源创造经济成果，造福人类。自此之后，一些发达国家争相开发利用这种能源。1954年和1956年，苏联与英国分别建起了核电站，原子能和平利用并为人类造福的成果开始显现。在这种科学发展趋势下，一直支持台湾的美国把捐赠原子炉和技术，作为原子能和平用途推广计划之一部分与台湾当局合作。从战争的创伤与灾难中复苏的台湾，急需发展电力以恢复经济，因而梅贻琦与当局协商，首先设立原子能研究所，以此为依托，逐渐扩大成由三五个所组成的研究院，在此基础上最后恢复清华大学建制。这一计划得到了台湾当局认可、批准，并对梅表示了殷切期望，特别允许其在台北阳明山官邸附近划拨校址。台湾岛内许多县、市领导人闻讯，认为这个倏忽间从天上掉来的金娃娃应该搂在自己怀中，不能让它溜到别人的地盘乱蹦狂跳。于是，各县、市长纷纷想方设法找梅贻琦游说，让这一计划在自己管理的一亩三分地落地生根。一时间，舆论纷纷，群情瞩目，搞得梅贻琦难以招架。

    正在梅为研究所选址事宜大感苦恼，左右为难之时，蛰伏在一间屋子里眯着有点老花的眼睛密切关注梅贻琦动向的蒋介石，认为自己出面解围的时机已到，遂发出请柬，邀梅于某日参加自己定期举行的茶话会。梅按时赴约，原以为有很多官僚政客或学界名流参加，当到达蒋公官邸后，才发现只有自己一人。与蒋对坐喝茶闲谈中，梅顿悟对方如此安排，实出于对自己的特别礼遇，意在避免“召见”之意，并借此彰显蒋公对此事的重视、谨慎与对梅本人的尊重。交谈中，蒋介石告诉梅贻琦不要听那些巧舌如簧的县、市长鼓动拉拢，宜于亲自环岛看看，有自己的主见才是。梅贻琦颇以为然，蒋介石亲自指派原清华大学教授、台湾省政府秘书长浦薛凤陪同一起察看。

    梅氏一行沿台岛纵贯线奔波十天后，考虑到原子炉附近五百尺以内不能有住户或农工设施等因素，认为新竹县赤土畸较为适宜，此处地势开阔且大多是荒地，便于征地和建设，而离台北仅有70多公里路程，来往便利，便于海内外