中央研究院胡故院长适之先生治丧委员会立石中华民国五十一年十月十五日胡适突然撒手归天，消息传到台大医院，梅贻琦深为悲痛。兔死狐悲，物伤其类，经此刺激，梅贻琦病情加重，几度昏迷不醒。当月，其“教育部长”职务获准辞去。4月29日，梅氏在病榻上发表了最后一次对清华校友的讲话，诚朴谦逊一如往常，只是言语稍有错乱。5月4日，由微热到高烧不退，咳嗽转剧，任何抗生素都不能控制。19日，梅贻琦陷入昏迷状态，体温升至41℃。如此病况，国民党高层为之震动，蒋介石闻讯，指示陈诚、蒋经国等组织台大医务人员全力抢救，延至上午10时50分，终告不治。梅贻琦溘然长逝，亨年73岁。

    是日中午，台北各电台首传噩耗，清华同学数百人闻讯，于惊骇、悲痛中急趋台大医院奔丧。特二号病房中阴沉暗淡，韩咏华方举哀室隅，梅的好友、台大教授查良钊则忙于奔走料理，力竭声嘶。清华校友环列榻前，默对遗体，缅想往日耳提面命之恩，益感此时人天遥隔之痛，无不掩面悲泣。

    梅贻琦生前有一个随身携带的手提皮包，入住台大医院时放在床下一个较隐秘的地方，包里装的什么珍贵东西没有人知道。梅去世后，秘书在料理后事的同时迅速将手提包封存，后来在有各方人士参加的场合下启封。当包打开，所有的人都目瞪口呆，里边装的全是清华基金账目，一笔笔清清楚楚地列着。睹物思人，在场者无不为之感动，有热泪盈眶者。此时韩咏华才顿悟，梅贻琦没有任何财产，所有的话都在病床上讲完了，所以也就无须写什么遗嘱了。

    5月23日上午举行公祭，宋美龄亲到梅夫人寓所慰问，蒋介石特颁“勋昭作育”挽额，以旌逝者高风亮节之风范，同时遣当局秘书长张群代表致祭。一时间，陈诚、五院院长、各部部长、大学校长，以及各界首长，中外学者亲临致祭者达千余人。新竹清华大学师生则于正午12时恭祭。按照计划，逝者遗体将移入新竹清华校园专设的灵堂供师生、好友与各界人士凭吊。当安葬灵车由台大医院驶入新竹县时，数万民众与身穿制服的各校学生，配以自己组织的乐队肃列道路两旁，向缓缓驶来的一生献身教育的伟大学人遗体默致哀悼。梅贻琦遗体下葬地选在新竹清华校园西南区十八尖山之麓，此地倚山面水，居高临下，俯视全校，远眺大陆。为纪念梅氏对中国教育事业特别是清华创业的贡献，台湾当局于这年夏季在新竹清华研究所的基础上，正式成立了清华大学并招收本科生。同时在校园内为梅贻琦修建了墓园，取名“梅园”。园内建有墓碑两座，一座正面镌刻蒋介石题赠的挽额“勋昭作育”四字，背面是“褒扬令”。

    另一座正面是罗家伦题写的“梅校长贻琦博士之墓”，背面是蒋梦麟题撰的碑文。墓的左侧建有“梅亭”，园内植有各种名贵花木，其中有杏梅287株，梅花241株，名花草木构成了壮美秀丽的“梅林”，以志世人缅怀纪念。