1955年初，香港大学东方文化研究院有意聘请董作宾赴港任教授，薪水高于董在台湾几个机构服务收入总和约二倍。由于连日劳累和穷愁，此时的董作宾身体状况极为虚弱，很希望找个清闲地方好好休息一段时日。加之南港的工程已经完成并交付使用，董觉得无愧上司与同仁之托，便答应了港大聘请，并于这年8月辞却史语所所长职，向台大请假，赴香港就任。董走后，由李济接任所长，屈万里为所务秘书。

    赴香港的董作宾尽管得到了较高的薪水和休息空闲，毕竟港岛的学术氛围无法与台湾比拟，且作为立志以研究甲骨文为终身职业的学者，离开了由大陆运往台湾的殷墟出土甲骨，如同鱼儿离开了大海。学术生命受到严峻挑战，其内心的孤独与焦躁不安难以向外人道及。1956年，董作宾在香港发表了《甲骨学前途之展望》一文，以忧伤的笔触写道：“去年曾访韩、日，前年曾游菲律宾，此来香港得接洽学术界人士，兼可以见到大陆上的许多学人发表的甲骨文论著。至于欧美汉学家的动态，也在通讯中略见一斑。展望世界，甲骨学的前途，甚是暗淡。甲骨学的沉闷，也就是中国古史研究之消极停滞，茫无端绪了”。

    1958年，胡适由美抵台出任“中央研究院”院长，力邀董作宾返台继续从事以前的教学与研究工作。已感郁闷至极的董作宾听从了胡氏召唤，于当年秋辞却港大职位重返台北。返回史语所的董作宾已无职务可言，亦无组可归，只好专任台大教授，处境很是尴尬。作为院长的胡适深感过意不去，经过一番苦心孤诣的琢磨权衡，终于想出了一个令各方面都能接受的两全办法，即在史语所成立一个甲骨学研究室，由董作宾担当主任主持工作。当时史语所内的考古馆已落成，正好让此研究室进驻并有充足空间来做甲骨文研究。对于这个微妙的方案，董作宾自己说：“这是我可以竭其残年，再报效于甲骨学的一个机会。”按石璋如的说法：“就编制而言，成立‘室’而非‘组’，是因为在组织规程中，室可大可小，大者可与所平等，小者可附属于所。不过这时我们也没有想太多。”甲骨学研究室就在这样的背景下，于1958年11月鸣锣开张，抗战时期在李庄招来的人员屈万里、张秉权、刘渊临等继续协助董作宾工作。

    胡适弄出的这个方案，由于内含不足为外人道的微妙关系，自然引起了外界议论与猜忌。如有李敖者就曾对此放言道：“董作宾丢掉史语所所长以后，无组可归，于是专门成立了一个‘甲骨学研究室’，这是为了脱离李济的压力、挽回自己面子的一个伏笔——他也预备有朝一日脱组而出，另成立‘甲骨学研究所’。可是所未成而身先殁。”事情就这样泡了汤。李敖所说有无道理尚可讨论，但谓董作宾“身先殁”，则是1963年的事了。这一年的台湾学界不止董作宾一人去世，走在他前面的重量级人物还有两位，一是朱家骅，另一位就是董同龢。

    对于董作宾等三人的死，石璋如在晚年曾以哀惋的心情说：“五十二年真是不幸的一年，有好几位同仁过世。1月3日晚，王志维电告朱前院长于当日下午去世。朱先生是研究院奠基南港的重要人物，任期也长，对研究院有所贡献，老同仁对他都有感情，听说了讯息都非常难过。”朱家骅去世后，于5月15日安葬于阳明山。按石璋如的说法，“由于上山耗时较久，十点钟始举行安葬式，稍微公祭一下十点半即结束，比起胡先生简单得多”。

    很显然，与胡适比起来，朱氏的葬礼“简单得多”的根本原因恐怕不是一个上山费力耗时可以解释的，其背后深层的原因一言难尽——尽管死后蒋介石亲临吊唁，并特赠“怆怀勋硕”挽额，其间的裂隙和隐情又令旁边者看得分明。无论如何，朱家骅作为在中国政坛、学界曾呼风唤雨、威震朝野、纵横三十余年的重量级“大鳄”，就这