清华大学校长梅贻琦出面在军警之间竭力斡旋，“嫌疑分子”全部疏散，吴晗和当时已入军警名单的所有人员无一被捕，但后来吴还是从清华园秘密出走了。

    关于吴氏出走的经过，据当时的清华大学教务长吴泽霖回忆：1948年，国民党派了一个叫陈继承的人担任北平警备司令。此时北平局势已很紧张，陈继承经常找各个大学的校长、教务长、训导长到他家里去开会、吃饭，完了以后，总要对校负责人们说，学校里的学生闹得太厉害了，要求学校当局限制学生运动，并公开指责吴晗，说他在煽动学生闹事，要予以制裁。“有一次晚上邀请大家吃饭，北大有胡适、郑天挺，清华的有梅校长和我，师范大学有二位先生。陈继承很明白地讲，你们清华的吴晗闹得不像样吧，要约束他啦。当时，梅先生解释了一下，他是个读书人，也没什么，也做不了什么东西。在回来的路上，在汽车上我就跟梅先生谈，看样子恐怕吴晗有点不利了，怎么办？是不是应该保护他一下。他就说我马上就找他，找到后他说：‘吴先生，你得赶快走，晚了不行了。’怎么样给他安排的，那我就不知道了。不过具体安排要找他，让他早离开，是我参加了的。”

    吴泽霖这个话当是事实或离事实不远。梅贻琦是国民党中的名人，但他一贯禀承自由民主的传统和校风，总是顶着种种压力保护持不同政见的师生。在昆明时，就对闻一多、吴晗等人弄出的政治主张和做法表示反感和厌恶，但在关键时候仍对其进行力所能及的保护，此为梅氏一贯的作风，也是人格最为光荣的一面。吴晗接到通告，迅速开溜，在中共地下党帮助下，先到上海，未久又秘密飞回北平，旋转入天津，与先前抵达天津的夫人袁震会合，再由崔月犁派出的地下交通员送往河北一带中共控制区。当年11月，吴晗夫妇辗转来到了中共中央所在地河北省西柏坡，受到毛泽东、周恩来等中共领导人接见。其间，吴晗把自己写的《朱元璋传》修改稿呈给毛泽东过目，毛对传中彭大和尚归宿的意见，以及吴晗表示要按毛的指示重新修改文稿等预示着不祥之兆的故事，都发生于此时此地。

    1949年1月31日，北平和平解放，吴晗随中共军队参加了入城仪式。几天之后，吴与钱俊端等人受中共中央委托接管了北京大学、清华大学。仅仅是几个月前，吴氏作为国民党捕获的对象而被迫逃离清华园，而如今却以胜利者的身份重返清华大学，其爽快的心情和意气风发的态势可想而知。据冯友兰在他的《自述》中说，当1948年解放军围困北平城时，中共军事管制委员会下属的文管会张宗麟等人，就找到清华校务会议成员讲了一堆好好维持学校之类的官话，其间特别对冯友兰说道：“我们对于你的行动曾经作了估计，现在你的表现跟我们的估计差不多。党中央很重视你。”未久，冯友兰被军管会任命为清华校务委员会主任委员，主持全盘工作，成了清华的一把手。只是好景不长，中共高层特别是毛泽东认为冯氏此人，总是不能采取“老实态度”为人为学，难堪重用，必须让其靠边站。于是，解放军入城之后，军管会负责人钱俊瑞来到清华宣布：“派吴晗为军代表。从此以后，校务就实际上由吴晗主持了。”

    已成为北大、清华两校实际上一把手的吴晗，在北平骑河楼清华同学会聚会上，曾说过这样一句话：“梅可以留在清华，胡是走了好。”据当时听报告的清华校友林从敏回忆说：“那时吴先生与邓小平、彭真的关系很和谐，听说是邓的扑克牌友，邓总是称他为教授，且已内定为北京副市长。吴先生对梅师与胡适先生的看法，可以说是半官方的意见。”只是梅贻琦没有听从吴的召唤，也没有忆及当年他冒险通知吴氏离开清华园的旧事，最终还是由南京转香港，把自己的老骨头埋葬于“田横之岛”。

    在清华园当了近一年“太上校长”的吴晗，于1