1943年秋，在中央研究院总干事任上的叶企孙，因傅斯年的霸道而不堪忍受有职无权的羞辱，毅然辞职离开重庆回到昆明西南联大，继续担任清华大学“特种研究事业”委员会主任。1945年8月，因西南联大理学院院长吴有训调任重庆中央大学校长，叶继任联大理学院长。抗战胜利后，西南联大常委梅贻琦、傅斯年，频繁往来于重庆、南京、北平之间办理学校复员事宜，叶企孙被国民政府教育部指定代理清华大学校长、联大常委并主持联大校务，成为事实上的西南联大第一把手。期间，国民政府为实施“种子计划”，在吴大猷推荐下，叶企孙力挺年少聪敏的物理学天才李政道公费出国学习并取得留美成功。许多年后，李政道颇为感激地说道：“叶师不仅是我的启蒙老师，而且是影响我一生科学成就的恩师。”

    1946年秋，清华大学复员回到北平并于清华园复课，叶企孙担任校务委员兼理学院院长，是除梅贻琦之外清华第二号实力派人物。1948年年底，梅贻琦仓皇南飞，清华大学很快被中共接管。据叶企孙“文革”期间“交代材料”披露：“清华复员以后，吾曾一度向梅贻琦说：倘有短期出国研究物理学或科学史的机会，吾可以考虑。后来，美国某基金会（我记不清哪一个了）来信，说已给我一个研究科学史的学侣补助金（fellowsipend），研究地点在麻省理工大学或哈佛大学。吾收到这封信时，人民解放军已接近北京效区。吾愿意留在清华，等候解放。我没有答复基金会来信，也没有去领款。”当叶决定放弃这个机会时，梅贻琦想拉叶离开北平，并有了与叶企孙共同到福建省利用海外保存的清华基金，重新建立清华大学基地的打算，但叶经过一番摇摆、观望，最后“自信作孽无多，共产党也需要教书匠”，便决定既不出国也不南飞，坚持留下来迎接对他来说并不了解的新政权。

    梅贻琦出走后，清华事务暂由以文学院院长冯友兰为主席的校务委员会维持。1949年1月10日，中共北平军事委员会文化接管委员会主任钱俊瑞偕同教育委员会张宗麟等人到清华园正式接收，并由校务委员会主席冯友兰在大礼堂召集师生，声明“清华从今日起正式成为人民政府的大学（全体鼓掌一分钟），并且是人民解放军第一个解放的大学”。1月30日，即宣告北平和平解放的前一日，中共所属解放军二千余人以参观的名义开赴清华园，实际是一个占领仪式。解放军官兵与清华学生进城工作队会集于体育馆广场，一起唱歌、呼口号，从自家居室携妻带子跑出来瞧稀奇的清华教授们，第一次听到“中国共产党万岁！”“毛主席万岁！”等口号。这几句不同凡响的口号，在清华教授心中形成了很大冲击，多数人不得不认为，天确实变了，人如何变，恐怕要看天行事了。

    1月31日，中共代表钱俊瑞受命赴清华园大礼堂演讲新民主主义及共产党政策，有二千余名师生听讲。就在钱俊瑞在清华讲演的同时，清华教授会也因政府欠薪问题紧急召开会议讨论。原解放军北平军委会文化接管会答应在1月底前为清华教职工发薪一次，但月底来临，众人没有见到一个铜子。于是，参会的众多教授认为是以冯友兰为首的校务委员会不够努力造成的，让冯速到中共当局催款。冯在原地转着圈，以各种理由哼哼唧唧地向诸方辩解开脱，仍得不到众人谅解，一气之下说：“我在这里办学，并不是去讨饭。”

    生物系一个叫吴征镒的“先进教员”立即站起来指责道：“这是个思想问题。”据冯友兰许多年之后反思说：“我当时心里想，我搞了几十年哲学，还不知道什么思想？后来才知道，解放以后所谓的思想，和以前所谓的思想并不完全一样。”冯支吾不能言，且在会场多次失态。据浦江清当天的日记载：“清华各团体自解放后，盛行检讨之风，而检讨之习惯未养成，所以多意气