所谓“思想最超越”，即陈端生对世俗命运的抗争，特别是一个弱女子以自尊和强悍的作风，穷尽心力摆脱男权社会强加于自己身上的桎梏，追求人性自由和独立精神。然“端生此等自由及自尊即独立之思想，在当日及其后百余年间，俱足惊世骇俗，自为一般人所非议”。这些非议中夹杂了声嘶力竭的指斥与诅骂：如“习成骄傲凌夫子，目无姑舅乱胡行”、“竟将那，劬劳天性一时捐。阅当金殿辞朝际，辱父欺君太觉偏”等。对著中人物不见容时代的悲怆命运，陈寅恪以伤感的语调发出了哀惋的慨叹：“噫！中国当日智识界之女性，大别之，可分为三类。第一类为专职中馈酒食之家主婆。第二类为忙于往来酬酢之交际花。至于第三类，则为端生心中之孟丽君，即其本身之写照，亦即杜少陵所谓‘世人皆欲杀’者。前此二类滔滔皆是，而第三类恐止端生一人或极少数人而已。抱如是之理想，生若彼之时代，其遭逢困厄，声名湮没，又何足异哉！又何足异哉！”

    此处明白地指出，自由及自尊之思想，不能为世所容。中的主角孟丽君就是作者陈端生本人的写照。而陈端生的遭际又何尝不是追求“独立之精神，自由之思想”的陈寅恪自身的投影？字里行间显示着陈寅恪为时代和时人所不容的内心苦痛。抚今追昔，不免怅然，陈寅恪发出了如下警世感慨之语：

    六朝及天水一代思想最为自由，故文章亦臻上乘，其骈俪之文遂亦无敌于数千年　　 之间矣。……再生缘一书，在弹词体中，所以独胜者，实由于端生之自由活泼思想，能运用其对偶韵律之词语，有以致之也。故无自由之思想，则无优美之文学，举此一例，可概其余。此易见之真理，世人竟不知之，可谓愚不可及矣。

    陈氏强调自由思想的重要乃普世真理，有自由之思想，才能有优美的文学和真正的学术，而世人竟不知，或竟完全抛弃，自是愚不可及。陈寅恪道出这个已被历史检验的事实，显然有借古讽今的意味，以先贤的才智和创造的灿烂文化成果，讽喻今人的无知和陈氏本人所处的社会政治环境。表面上考证一部古代弹词，实在是陈寅恪向世人泣诉自己的遭遇。而更令陈氏感慨万端的是，随着历史的演进，世道人心已随社会环境发生了重大颠覆性变化，民族文化中优秀的懿德敦敏传统已不复存在。当书中讲到端生的妹妹长生不忘怀端生一段时，陈氏更是悲从中来，谓：“观其于织素图感伤眷恋，不忘怀端生者如此，可谓非以势利居心，言行相符者矣。呜呼！常人在忧患颠沛之中，往往四海无依，六亲不认，而绘影阁主人于茫茫天壤之间，得此一妹，亦可稍慰欤？”陈端生本身既无犯罪受过，虽在忧患之中，六亲何至不认？这分明是陈寅恪为自己的遭遇伤怀感叹，心中迸发出的愤懑不平之音。

    “文章我自甘沦落，不觅封侯但觅诗。”这是陈寅恪对全篇的总结，也是他晚年心境和志趣、风骨的映射。

    1954年2月末，《论再生缘》几经修改终于定稿，中国文化史上又一座里程碑式的篇章就此奠定。过去的岁月，无论是在清华园还是颠沛流离于西南之地，陈寅恪每完成一部著作，都请自己的夫人题写封面。《论再生缘》完成了，封面依然由唐筼题写。只是在当时的政治环境中，这部闪耀着“独立之精神，自由之思想”灵光的稀世珍品，当局不予正式出版，陈寅恪只能自己出资请人用蜡版刻印若干册，分送友人，以示志念。——这便是吴宓在日记中记载陈寅恪所赠《论再生缘》的背景。

    就在陈寅恪《论再生缘》自费油印后不久，前往探访的著名民主人士章士钊把一份陈氏赠送的油印稿带到了香港，后辗转由香港友联出版社出版，一时间海外震动，议论纷纭，谓陈寅恪大师在大陆不但生活艰难，心情悲戚，所述著作都不能出版，只好自费油印小册子分发友朋，此乃实为中共对知识分子迫