1937年7月下旬，应蒋介石之邀出席庐山牯岭国防会议的傅斯年回到南京，开始处理中央研究院特别是史语所的各项事务。

    史语所自1928年于广州成立后，随着国民党北伐成功与国内局势纷纭变化不断迁徙，先是由“革命中心”广州迁到文化中心北平，进驻北海静心斋。再是由北平迁上海曹家渡小万柳堂，最后迁至南京北极阁史语所大厦，与中央研究院总办事处住在一个大院，算是落地生根，安顿下来。

    1936年春，继杨杏佛之后担任中央研究院总干事的丁文江因煤气中毒不幸在长沙病逝，院长蔡元培示意傅斯年与其他几位所长协助自己共同邀请朱家骅接任总干事。按中央研究院章程和权力划分，院长之下以总干事掌握实权，总揽全局。时朱身为中央委员，中央政治会议委员，勉强答应。是年冬，朱被国民政府任命为浙江省主席，对中研院总干事一职更无兴趣，再三坚辞，但无结果。不久，卢沟桥事变爆发，日军即有进攻上海，迫近南京之势，华北、华东陷入全面危急。面对危局，身兼多职的朱家骅显然已无法继续兼顾中研院事务了，只好请傅斯年出面代理。傅氏顾及各方面的情形，毅然挑起了这副担子。因而，从庐山回到南京的傅斯年，开始以事实上的总干事身份处理中央研究院各项事务，史语所只是他掌控大局中的一个组成部分罢了。

    就在傅斯年上下奔波，忙得焦头烂额之时，“八一三”淞沪抗战爆发了。

    1937年8月13日，驻上海日军与中国张治中部第九集团军因虹口机场的“大山勇夫”事件发生磨擦并交火，日军乘势向江湾、闸北中国驻军发起进攻，中国军队奋起抵抗，举世瞩目的淞沪抗战拉开了序幕。

    8月14日，蒋介石任命冯玉祥为第三战区司令长官，负责上海对日作战。同时电令京沪警备司令兼前敌总指挥张治中对日军发动总攻击。自此，中国的大江南北，长城内外，全面笼罩在战火硝烟之中。

    8月15日，日本政府动员两个师团派往中国，并成立作战大本营，中日战争机器全面开动，就此踏上了不是鱼死就是网破，不分胜负决不罢兵的不归路。

    8月17日，国防参议会最高会议在南京召开，胡适、傅斯年、蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓等学界要人出席了会议（有的派代表参加）。在这次会议上，傅斯年力主中央研究院各研究所以及平津重点大学，内迁长沙与南昌一带城市暂避。这个请求得到了多数人会者的响应与支持，很快形成了政府决议。蒋介石受全民抗日激情影响，下定决心与日寇一战。鉴于中国军事力量最多可支持六个月的现状，又希望在外交上得到英美等国的同情和支持，决定派胡适出使美国；蒋百里出使德国；孙科出使苏联，争取国际社会同情与援助，压制日本的嚣张气焰。

    8月23日，日军将领松井石根率领第三、第十一师团在吴淞登陆，日军实力大增。9月11日，日军第九、第十三、第一零一等三个精锐师团抵达上海，与先头部队兵合一处向中国军队发动全线攻击，中国守军拼死抵抗。蕴藻浜、苏州河之战，双方死亡惨重，成堆的死尸阻断了航道，血流成河，浜水皆赤。

    面对敌军强大攻势，中国军队副总参谋长白崇禧、作战组组长刘斐等将领向蒋介石提出，淞沪会战当“适可而止”，中日军队武器装备悬殊，我军不要再作无谓牺牲，应从长计议，命令各部向吴福线国防工事转移。蒋介石踌躇再三，在攻守之间摇摆了几天后，闻见从全国各地抽调的增援部队正陆续到达淞沪战场，遂决心与敌拼个你死我活。9月10日，蒋介石日记云：“各部死伤大半，已觉筋疲力尽，若不支撑到底，何以慑服倭寇，完成使命也？”

    9月18日以后，敌军攻势再度加强，中国军队气力不支，被迫由战略进攻转入顽强的守卫战。