淞沪抗战爆发后，傅斯年托史语所一位陈姓职员护送自己的老母前往安徽，暂住陈家，继而让妻子俞大綵携幼子傅仁轨投奔江西庐山牯岭岳父家避难，自己只身一人留在危机四伏的南京城，组织、指挥中央研究院总办事处和各所内迁重庆、长沙等地的事务。

    自1928年6月中央研究院成立后，陆续按学科分科增设各研究所，到1937年抗战爆发前，已设立物理、化学、工程、地质、天文、气象、历史语言、心理、社会科学及动植物等十个研究所。理、化、工等三个研究所设在上海，其余各所均设于南京，并在南京成贤街旧法制局内设立总办事处（北极阁新址落成后，办事处迁往新址办公），主持办理全院行政事务。

    当史语所、社会科学所等机构迁往长沙后，傅斯年在总办事处度过了最后的留守岁月，于南京沦陷前夜，奉命撤离，同年冬到达江西牯岭，见到爱妻幼子，随即携妇将雏乘船经汉口抵达重庆中央研究院总办事处临时住点。1938年初夏，蔡元培终于同意朱家骅辞去总干事一职，本想请傅斯年继任，但傅坚辞，说对昆明的弟兄放心不下，急于到昆明主持史语所工作，蔡只好请抗战前曾做过中华教育文化基金董事会干事长、四川大学校长、中国科学社创办人、著名科学家任鸿隽（字叔永）任总干事。

    傅与任交接了总办事处事务，携妻带子来到了昆明，与史语所同仁相会于昆明靛花巷三号，继而迁往龙泉镇龙头村。此时，梁思成主持的中国营造学社虽已恢复，但要开展工作，必须有辅助这一工作可供查阅的图书资料，否则所谓工作将无从谈起。

    自长沙撤退之后，清华通过本校毕业生、时任教育部次长的顾毓琇联系，将图书大部分运往重庆，存放于顾毓琇之弟顾毓瑔为负责人的经济部下属某所，携带昆明者只很少的一部分。想不到1938年6月26日，顾毓瑔从重庆急电昆明的梅贻琦，告之曰：

    昨日敌机狂炸北碚，烧炸之惨前所未有，敝所全部被焚毁，救无效。贵校存书全成灰烬，函详。

    此前南开大学的图书馆在津门被日机几乎全部炸毁，北大图书没有抢出，如今，抢运出来的清华图书大部分又成灰烬，这就导致迁往昆明的三校几乎无图书可资参考。多亏中研院史语所来昆明后，傅斯年设法将先期疏散到重庆的13万册中外善本图书寄运昆明靛花巷三号驻地，随即又将靛花巷对面竹安巷内的一座四合院租下作为图书馆，算是为迁来的三校和其它学术机构研究人员借读缓解了燃眉之急。正处于孤助无援的梁思成，见史语所大批图书到昆，与傅斯年协商，借用图书资料及部分技术工具以便开展业务。傅斯年慷慨应允。此后，中国营造学社与史语所这两个本不搭界的独立学术团体，就形成了老大与老二，国营与民营，依附与被依附的“捆绑式”格局。

    既然营造学社与史语所已成了老大与老二的依附关系，在史语所搬迁时，营造学社也只好跟着搬入乡下，在史语所旁边的麦地村落脚，寻租一处尼姑庵作为工作室。

    1939年1月20日，傅斯年为爱子仁轨画了一张旅程图，题记曰：“小宝第二个生日，是在牯岭外公外婆家过的。爸爸在南京看空袭。生下三年，走了一万多里路了！”言辞中透着钻心的悲怆与凄凉。

    就在史语所迁往龙头村不久，中央博物院筹备处也从重庆迁往昆明，并在离史语所不远的龙泉镇起凤庵暂住下来。据当时在筹备处工作的年轻研究人员赵青芳回忆：此处是一个只有几十户人家的小村子，村子背靠山坡。起凤庵内有个四合院，共十多间房屋，除尼姑占有少部分外，大部分都拿来做了办公室。当时的工作人员不足二十人。村子在夜深人静时常闻狼嗥，大狼小狼之声清晰可辨，一时间颇使人生畏。好在白天环境十分幽静，在办公室窗前可以看见松鼠在树