时，极富远见的蔡元培就派人赶赴云南昆明与当地政府有关机构按洽，希望把中央研究院上海的三个研究所搬到昆明继续工作。云南方面表示欢迎并乐意提供路费，但作为交换条件，中央研究院下属的工程所等相关机构，需帮助对方在昆明近郊安宁建立一所现代化利用电炉制钢的工厂，这一要求得到了蔡元培的批准。1938年春，中央研究院工程所等机构，从日本人的铁蹄下悄然撤离沦陷的上海，租用外国油轮从香港、河内一路辗转来到了昆明，只是限于当时的条件，炼钢电炉没能带出。当时的云南只能用高炉和转炉生产生铁，中研院工程所到来后，开始在昆明东寺街石桥辅租用民房进行炼钢实验，后来为了躲避日机轰炸和市区的拥挤、喧闹，于滇缅公路昆明至缅甸方向22公里的桥头村，建立了一座占地100亩的工厂，所需设备除自制外，还通过昆明安利公司从英国、美国购进。工厂建成后，于1941年6月炼出第一炉钢，8月轧出第一批钢。自此之后，昆明几乎所有新兴的大型建筑都使用此钢材，名震一时的胜利堂、五华山光复楼等，都是在这样的背景和条件下兴建起来的。不过，当这一切到来的时候，蔡元培已经看不到了。

    1938年5月20日，蔡元培应宋庆龄邀请，同港督罗富国爵士等人一道，出席由“保卫中国同盟”及“香港国防医药筹赈会”于圣约翰大礼堂举行的美术展览会，并公开发表演说。——这是蔡元培在港期间唯一的一次公开演讲，其意本为公开话别，离港前往昆明或重庆，奈何因身体荏弱不堪，未能成行，最终病逝香江。

    1940年早春，73岁的蔡元培步入了贫病交加的人生暮年，他的生命之火即将熄灭。而此时，偏又遭逢爱女蔡威廉死于难产的致命一击。这位留洋归国的艺术家，自和林文铮结婚后，一直致力于国立艺专的艺术教学工作，满腹才华和理想尚未来得及施展和实现，就撒手人寰。她死得很惨，在咽下最后一口气之前还用手在墙上反复疾书“国难，家难……”其撕心裂肺之状令天地为之动容。白发人送走了黑发人，而白发人也将循着女儿的背影飘然而去。

    1940年3月3日晨，蔡元培起床后刚走到浴室，忽然口吐鲜血跌倒在地，继而昏厥过去。两天后，医治无效，溘然长逝。

    巨星陨落，天下震惊。全中国不分政治派别，均表深切哀悼。蔡氏遗体于7日下午在香港湾仔摩利臣山道福禄寿殡仪馆入殓，10日举殡，香港各学校及商号均下半旗致哀。蔡元培灵柩初移厝于东华义庄七号殡房，以待运回故乡浙江绍兴安葬。但因战事迭起，炮火连绵，未能成行，遂移葬于香港华人永远坟场。从此，这位“五四元老”、“中国新文化运动之父”、“学界泰斗”。长眠于香江。

    蔡元培在民族危急的“大风雪”中走来，又在山河破碎的暴风骤雨中离去，在他到来和离去之后，中国已经不再是原来的中国，他所开创的学术大业，自由之思想，民主、科学之理念，囊括、兼容之精神，将成为一座不灭的灯塔，于岚山雾海、天地苍茫中，昭示着天下儒林士子远航的路。

    蔡元培走了，死者不能复生，中央研究院不能长时间没有院长。为使本院各个系统不至因其缔造者蔡元培去世而在战火中出现断路或瘫痪，院长继任入选问题自然地被提到了议事日程。

    1940年3月中旬，中央研究院评议会秘书翁文灏与中央研究院总干事任鸿隽，中央组织部长朱家骅，教育部长王世杰等人沟通后，呈报国民政府批准，召集散落在全国各地的评议员赴重庆开会，选举新一届院长。

    在昆明科研学术机构的傅斯年、陶孟和、李济、李四光、丁西林、汪敬熙，及西南联大教授陈寅恪、周炳琳等接到通知，纷纷向国民政府陪都重庆云集而来。此时，每个评议员都渴望自己看好的对象能够当选，开始或明