中央研究院史语所由昆明派出的第一批车队行程并不顺利，一辆在易隆附近山区翻车，一辆中途抛锚，只有趴在山野草莽中暂且与虎狼为伴，后来经过千难万险才到达泸州江边。林徽因等人乘坐的眷属车也无一例外地遇到了麻烦，据梁从诫回忆：“到威宁县城，天已全黑，而车子在离城门几里处突然抛锚。人们既不能卸下行李掮进城，又怕行李留在车里被人抢劫，最后只好全车人留在卡车里过夜。而我又偏偏发起高烧，妈妈只好自己拖着一家人进城为我找医生。次晨听说，夜里狼群竟围着车厢嗥了半宿。”

    当车辆陆续到达泸州南岸的蓝田坝后，在潘悫、王文林等先行人员与当地转运站交涉下，人与物资一起转入民生公司轮船，沿江西行至宜宾，再转乘小型木船返回李庄。身在重庆的傅斯年得到消息，于1940年10月15日致电王世杰转呈四川省政府报告说：“谢拨给南溪县李庄为迁徙所址，第一批人员物资已到达，余在途中。”

    11月12日，由史语所研究人员王崇武押队的第三批共140箱物资抵达宜宾，稍事停留后，分装几艘民生公司小型驳船运往李庄。意想不到的是，刚驶出宜宾不远，其中一艘驳船不幸失重倾覆，船上运载的货物全部滚落于江水。众人一看大事不好，急忙上岸找人打捞抢救，宜宾专员冷寅东闻知，深感事关重大，当即下令所属水运局火速派遣潜水员下水打捞。在上下左右一番紧急抢救后，总算把落江的箱子全部打捞上来。万分遗憾的是，落水者偏偏不是收藏的青铜器、陶器或甲骨，而是分装于各箱中的拓本与善本书籍，尽管装箱时外部包了一层函套，仍全部被江水浸透。

    此事迅速报知了先期到达李庄的董作宾和在重庆的傅斯年，二人闻听大惊，董作宾向傅斯年发电商讨救治办法，傅斯年早已气急败坏，大骂王崇武成事不足，败事有余，眼睁睁地看着几十箱珍贵书箱翻落水中。骂过之后，一面派人和民生公司在重庆的总部联系查验、索赔事宜，一面指示宜宾王崇武等人速把落水书箱搬到一个安全地方开启验示并设法救治。此后，傅斯年电请董作宾由李庄赶往宜宾，亲自组织指挥对落水书籍的救治事宜，凡从江水中打捞出的箱子，全部集中到宜宾明德小学进行开箱、晾晒，并一一登记造册。于是，在重庆与宜宾之间，傅斯年与董作宾的信函你来我往，频频交换救治情况并向民生公司通报。宜宾方面，除了王崇武一队人马外，又加派了后到的一组同仁共同晾晒救治。大约到了1941年1月11日或12日，晾晒的书卷才算告一段落，所有人员乘船押运物资抵达李庄板栗坳驻地，正如石璋如所说，这一下“等于晒了三个多月的经”。除了王崇武等一队人马中途发生意外，在昆明最后一批押车起程的石璋如，途中也遇到了较大的麻烦。一辆汽车翻入赤水河桥下，所幸没有摔入水流滚滚的河心，车上的箱子大都散落在桥头，只有几个滚落于河边的浅水里。石璋如与同行的王志维等人憋着闷气到当地去找吊车求百姓帮忙拖吊，寒风呼号中，经过三天三夜的折腾，车子才被拖上来重新上路。当来到泸州装船时，已是1941年1月9日。又经过4天的装船押运，全船物资才算安全运往李庄板栗坳居地。——至此，史语所全部人员和物资抵达李庄，众人悬着的心才得以放下。

    1941年1月18日，傅斯年从重庆匆匆赶往李庄，主持分房事宜。

    就在傅氏准备动身之时，同济大学师生也陆续翻越乌蒙山脉，渡过赤水河，溯江向李庄赶来。原本只有三千多人口的李庄古镇，突然要安置上万之众的“下江人”，尽管当地士绅和民众早有心理准备，但当一队队人群扛着箱子，背着背包，提着行李，潮水一样涌来时，还是感到震惊和为难。

    当初联系迁徙地点时，同济大学在先，李庄乡绅拍发的电文也是“同大迁川，李庄欢迎