性把这个调查所抛将出去，让其合并于中研院。此举既在形式上帮助了蔡元培，使其麾下势力不至于因陈翰笙的出逃而削弱，同时也达到了给陶孟和施以颜色，并驱逐出中基会这座大靠山的目的。主意打定，任鸿隽主动与中研院方面联系。其时，中研院总干事杨杏佛因与蔡元培、宋庆龄、鲁迅等人搞“中国民权保障同盟”，于1933年6月18日被国民党高层派出特务暗杀。声名显赫的地质学家丁文江受邀继任中研院总干事。丁氏听任鸿隽如此一说，当场表示乐意接收陶氏调查所的家业，收编全部人马为己所用。老于世故的丁文江让任鸿隽作为说客先与陶孟和接头，算作投石问路，待陶氏方面有此意向，再由丁文江亲自出马一举拿下。

    想不到任鸿隽把自己的打算跟陶孟和说出时，陶氏勃然大怒，严厉痛斥对方乱用职权，假公济私，党同伐异，排弃异己等等不道德做法，并义正词严地指出：此举完全违背了中基会的宗旨与学术界的公理，是对北平调查所合法权益的公然挑衅和肆意践踏，也是对陶氏本人及手下职员人格尊严的污辱，遂当场予以拒绝。

    眼看陶孟和敬酒不吃要吃罚酒，任鸿隽毫不退让，表示乐意奉陪到底。于是，任氏凭其手中的大权，指示中基会大量削减调查所的预算，截其粮道，断其财路，使之不战自溃，以达逼其就范的目的。面对这一凶招，陶孟和极其恼怒与愤慨，他在致胡适的信中说道：“叔永（南按：任鸿隽字）逼我们一步一步的太紧了，先限制我们的预算，继之以促进合并（即驱逐之变相），又继之取消我们对于现用的建筑所有权，并规定我们几时退出。现在竟公然的要求随时停止我们的补助费了。”

    陶孟和此举，是想让胡适出面“拉兄弟一把”。但此一时彼一时，如今的情形已比不得当初拉杆子时的“独立运动”了。当年陶氏要另立山头，成就一方霸业，只是与任鸿隽一人或一个中基会的诸位大佬交锋，胡适尚可跃马挺枪为陶助战，或在阵外擂鼓为其呐喊助威。而现在中间又横插进一个坐地“招安”的老大——中央研究院，这中研院坐前两把交椅的又是自己的师辈人物蔡元培与平辈的“丁大哥”，胡适闻之虽甚着急，但感到左右为难，不便援手发力，处于观望之中。由于胡适的怯战与未能及时救援，陶孟和很快陷入前无救兵，后无粮草的绝境。在此境况下，尚以办事干练著称的中研院总干事丁文江一马当先冲出本部立入阵前，以胜利者的姿态挥枪弄刀，威风凛凛地劝其降服，并令其放下武器，老老实实地接受改编。陶孟和眼看大势已去，如不就此下马受降，等待着自己的将是丢盔卸甲，全军覆没的命运。瞻前顾后，为保住自己的实力，在山穷水尽中只好就范。同当年大宋朝的少华山的史进、朱武、陈达、杨春等一帮头领，率部归降实力雄厚的水泊梁山晁盖、宋江两大首领一样。万般无奈中，陶孟和只好放弃割据势力，以悲怆的心境硬着头皮将队伍自北平拉到南京，无条件地接受改编。此举在丁文江致胡适的信中，可以看到陶孟和当时的痛苦之情和艰难抉择：“当叔永提出合并的问题的时候，孟和就大怒，说×ב压迫驱逐’。经我再三疏通……彼方表示可以合作。”

    对于此事，丁文江是打着避免浪费金钱和人才的旗号而作出的收编决定。关于这一做法的得失功过，李济后来曾有所提及：“他（丁文江）的理由详细说来是很动听的。他说，中国的科学人才不多，而金钱更少，我们现在花一个钱，就应该有一个花这一个钱的意义。现在中国的学术机关，往往以科学研究的名义买了很多仪器，却常常地没人用，等到上了锈，糟蹋了，也没人管，岂不是浪费？这毛病就是有责任的人不但对于金钱的价值没有真正的认识，对于人的价值也没有真正的认识。而这种损失，不特是金钱的、人才的浪费，更难估计的，为那追求的目标将愈离愈远。”