从蒙自撤往昆明的联大文法学院，因事出仓促，当师生陆续到达后，但院址尚无着落。据知情者说，筹划此事颇为不易，“初议江西会馆，但稍有眉目，而工学院主持者，又要抢用。嗣闻另有力者，或亦需用江西会馆。则工学院能得与否，尚未可知。”

    就在江西会馆你争我夺，鹿死谁手尚难定论之时，蒋、梅二常委又派出陈福田、张奚若、陈岱孙三个系主任前往晋宁盘龙寺一带查勘，终因地势狭小荒芜、不堪应用而作罢。正在左冲右突了无着落之际，忽闻当地政府指令昆明城内各中学、师范学校移散乡县僻静之处，于是陈福田、张奚若等乃竭力串通蒋、梅二常委，外加潘光旦、冯友兰等实力派人物，租用昆明师范和农校等全部校舍，将联大文法学院师生迁入。这个决定公布后，一度得到部分教授的不满和抵制，浦薛凤则明确表示：“其意一若人愚我智，人怯我勇者。师范当局，已将校产之可搬动者，悉数运走。目睹光景，心殊不安。”

    浦氏等教授的担心与不满自有道理，事后发生于师范学院的一次惨烈轰炸也证明了这一预感的正确，但在如此众多师生已云集昆明而学校又无处安置的艰难处境中，迁入师范学院亦是一个便捷的解决之道。未久，蒙自转入的大多数师生迁入昆师与农校，另有一少部分对易经和风水较有研究的教授，感觉此处乃属卦相所谓“主大凶”之地，一旦住进，很可能落个人财两亡的结局。于是自行在郊外租房居住，学校当局正好落得个清静，一概照准。

    此时，比吴宓等人早一些时候来昆明的陈寅恪，由于兼职的关系，住进了中央研究院史语所在昆明租赁的靛花巷青园学舍楼上——这是他自北平与史语所同仁分别四年多来再次相聚。想不到刚刚安顿下来，又一个不幸的消息险些将其击倒。在离北平的时候，陈寅恪曾托侄子陈封雄把一批书籍邮寄到长沙一个位亲戚家，以便自己到达后取用。想不到这批书直到陈氏一家离开长沙后一个多月才收到。更想不到的是，1938年11月日军攻占岳阳逼近长沙，国民党军事高层欲实施坚壁清野战略放火烧城，因执行具体任务者发生误会，于12日夜间突然自行放起火来，长沙顿成一片火海，不知内情的百姓在大火浓烟中号啕悲呼，四处蹦窜，设法逃生。结果是，一场大火毁房5万余栋，死伤市民2万余人，数十万人无家可归。陈寅恪亲戚的住处也未免劫难，房屋俱被烧毁，而陈氏寄存的书籍也化作灰烬。这场灭顶之灾使陈寅恪一生积赞的心血结晶和心中最后一丝希望宣告破灭，禁不住潸然泪下。

    不幸之中的万幸是，昆明的条件优于蒙自，况且还有一个藏书大户史语所在此，陈寅恪得以借到所需书籍应急，其在联大开设的《两晋南北朝史》和《隋唐制度渊源论》课业得以不缀。

    陈寅恪居住的靛花巷青园学舍临近昆明城北门，联大教室则位于昆明文林街，每逢上课，陈寅恪都需步行一里多路到校。此时他的右眼视网膜剥离，仅剩左眼视力勉强看书授课。陈氏仍像当年在清华园一样，每次上课都用一块花布或黑布，包着一大包书向教室匆匆走来，至时满头是汗，却从不迟到。有学生不忍见一只眼睛已盲的史学大师如此辛苦劳累，主动提议每到上课时前去迎接，并帮助拿书，遭到婉拒。据一位学生回忆“陈先生上课一丝不苟，多数时候先抄了满满两黑板资料，然后再闭上眼睛讲。他讲课总是进入自我营造的学术语境或历史语境，似乎把世事都忘得一干二净。某日，第一只脚甫踏入门，距离黑板尚远，陈师即开始讲述，谓上次讲的……随即走近桌旁，放置包书之包袱，就坐于面对黑板、背朝学生之扶手椅上。讲述久之，似发觉座位方向不对，始站起身搬转坐椅，而作微笑状。有时瞑目闭眼而谈，滔滔不绝。”时在北大文科研究所任助教的邓广铭慕陈寅恪才学与声名，经常跑到联大教室旁听，获益颇