以康宁祥系大将张德铭控南榕讼案为借口，捕之以去。南榕被捕的第二天（1986年6月3日），国民党《中央日报》以“郑南榕落网”的大标题，广事宣传，俨然把他当做江洋大盗。清朝末年，江亢虎起而抗暴，清朝政府骂他洪水猛兽，江亢虎说，我姓江，江者，洪水也；我名亢虎，亢虎者，猛兽也。说我洪水猛兽，我真高兴呢！如今郑南榕以江洋大盗落网，乍看不伦，实乃神似。郑南榕办《自由时代系列》杂志、发起“五一九绿色行动”、加入并推动“台湾民主党”，最后又策划“百万人签名运动”，在思想界与政治圈中不断兴风作浪，说他是此道中的江洋大盗，不亦宜乎？南榕下狱后，我亲自送十万元到他家里，给他母亲；另约南榕太太叶菊兰和邱谦城（杂志社业务负责人）到我家，面致五十万元，告诉他们：杂志赔了钱，本来与南榕讲好各赔一半的，现在由我全赔，不要南榕赔了。叶菊兰谦辞，我强她收下。南榕出狱以后，1987年2月5比他由曾心仪访问，刊出访问记。曾心仪问他：“李敖与你的私交，大家都很了解。在你的这个案子里，很特别的，我们看到李敖对你的关心是对别人从来没有的。从你被收押起，他就为你做了很多事：你的感受怎么样？”南榕答道：“李敖跟我私交非常深，我们的交往已经不是普通朋友的交往。人家说：‘君子之交淡如水’，我和李敖的君子之交是厚如蜜、浓如蜜。他会对我这样超乎他平常对朋友的行为规范，平常朋友被抓了，他不会出庭、打点等等，他用写文章来支援；从这点可以看出他和我的交情不太一样。他会对我这样，是因为看得起我办杂志有格。他对其他的朋友只会做到某一个程度。”从这些话里，可以看到南榕同我的交情。在访问中，南榕又提到我批评台湾人的文章。他说：“李敖常常发表政治方面的意见，他刺伤了他现有的听众。他现有的听众大部分都只见过台湾岛。行文用字是一回事，但是你要看李敖在政治上的行动，他也没有放弃台湾，也没有和国民党妥协要国民党让他去美国那么大的国家。他在这里批评、批评、批评，就是他喜欢这个地方的人，就是希望这边的人他妈的比较有格调一点。”从这些话里，可以看到南榕清楚知道我对台湾的感情。

    本来办杂志是争取言论自由、鼓吹人权民主的，但是南榕愈办愈把重点转移了，我是不赞成台独的，于是两人便逐渐疏远了。1989年3月6日早上，他电邀我为杂志五周年写几句话，我写了《言论自由还是第一优先》一文，以“逆耳之言，以博老友们的一脸苦笑”。那次电话通了四十分钟，是我们最后一次通话，电话中我反复举证，告诉他台独是一种梦幻，“我们要牺牲，但是不要为梦幻的理想牺牲”。从此以后，南榕的声音，对我已是绝响了。一个月后，南榕以自焚殉道。

    那年南榕坐牢之日，我由叶菊兰、邱谦城陪同，和小屯一起去看他，南榕的小女儿竹梅也一起去了，眉宇之间，似有无限深沉与哀怨。竹梅十岁时写诗说：“爸爸像太阳一样，如果太阳不见了，我会哭，我会叫，但还是叫不回太阳。”——对小女儿而言，南榕是太阳；但对好朋友说来，南榕是孤星。正因为是孤星，所以他不屑加入民进党。南榕自焚殉道后，民进党趁机拥死人为筹码，奉他为“灵魂党员”。殊不知南榕不屑入这种党，正因为这种党的政客没有“灵魂”，他们唐突死者，无耻至此，南榕、南榕，真死不瞑目了。

    南榕死后，一个说法是包围杂志社的警察们谋杀了他，这种郑南榕非自焚论，在“立法院”，由尤清、朱高正带头，就非自焚论展开政治秀，以是否有他杀的可能性，大作文章：陈水扁太太吴淑珍也依据陈永兴、黄华的话，同此炒作。而台南地区，也有四十名民进党员借口“国民党活活烧死郑南榕”，大举游行。——台北方面是打死后焚尸灭迹的，台南方面却是进一步活活烧死了，可见