，蒋以重庆为陪都，中央军入川，情况自然大为不同。然而龙云虽尊重庆为中央，由于特殊的地理、文化，甚至种族背景，相当于法国二倍大的云南仍然在龙云的直接控制之下。一九三八年日军攻占武汉与广州之后，云南的地位益为重要，在滇缅公路一端的昆明，更是不可缺少的对外窗口。昆明又是西南联大的校址，汇聚了全国第一流的学者。珍珠港事变后，昆明更成为美军驻扎的基地，以及飞越驼峰后的落脚点。无论军援经贸，皆由此进出。

    云南的重要性当然促使蒋介石染指，想用他的绳索套在龙云的脖子上。蒋以龙云为委员长滇黔行营主任，逐步把中央军调入云南，到一九四三年中旬，在云南的蒋军已四倍于滇军。蒋又派特务进入云南，因昆明于战时已成为自由主义知识分子的中心，并受到龙云的礼遇与保护。龙云虽想把特务赶出云南，但并不成功。实际上蒋于抗战后期为了加强独裁，政治迫害在特务的安排下益趋剧烈。表面上看，特务打击的目标是共产党和民主人士，事实上包括所有的地方实力派，而龙云显然是最大的一个地方实力派。

    地方实力派以及民主人士看到蒋介石对内不对外，趁抗战吃掉异己，遂于一九四三年春酝酿反蒋，但一年后尚在酝酿中，而日军突然发动“一号攻势”，至一九四四年九月，豫湘桂战斗极为激烈，日军有进寇四川、云南之势。蒋介石不肯把美式装备的嫡系军队拿出来打，造成大溃败?选暴露了中央的无能，也大大打击蒋委员长在国内外的声望，自由派民主人士尤对蒋失去信心。就在一号攻势接近尾声之时，地方实力派人士李济深、龙云、张发奎、余汉谋等，拟在粤桂之间组织自治、民主政权。同时在昆明的民主人士如罗隆基、张君劢、左舜生、沈钧儒、章伯钧等人，虽未直接参与，均表赞同，至少于重庆蒋政权崩溃之后，有所取代。他们想召开国民大会，包含各党各派的代表，筹组国防政府。这场反蒋运动虽未能付诸实施，蒋介石与龙云之间的关系却日渐恶化。直到一九四五年的一月里，重庆与昆明的关系才得到改善。蒋介石允许美国租界物资装备滇军三个师，龙云则让蒋介石的特务增加活动空间，并限制民盟行动。不过，此于蒋而言，只是权宜之计，他早已决定于战后消灭共产党，以及一切半独立的地方政府。从一九四五年四月蒋介石把杜聿明自昆明召回重庆密授机宜，以及五月间密命李宗黄任云南主席可知，抗战胜利之前就已准备把龙云撵走。日本突于八月九日投降，反而延迟了既定阴谋。八月十五日，日本正式宣布无条件投降，蒋介石乃命卢汉率领三个军自云南就近入越南受降，以调虎离山。为了更加减弱保护龙云的兵力，蒋又与美国人一起怂恿再增加一个军入越，于是龙绳武的“龙家兵”也跟着卢汉去了越南。龙云身边只剩下龙绳祖的一个师、一个宪兵团以及警卫大队了。易劳逸说，龙云自知无力抗命，“于是他请求重庆派他的四个师的部队，由他的亲信助手卢汉指挥，去印度支那接受日本人的投降”（《蒋介石与蒋经国——毁灭的种子》，页二十九），是不确实的。如龙云果真听天由命，当九月三十日拂晓时分，杜聿明突以兵戎相见，又何必登五华山待援，拒绝下山呢？从事后看，龙云显然因为疏忽大意，连八月间美军在昆明戒严都无警觉，终成蒋介石权术下的牺牲品。

    蒋介石于战时掌握川、黔两省之后，就在云南下大工夫，曾亲至昆明，据陈布雷说，“蒋公对龙主席备极称许，谓其坦易而明大义”，并嘱龙云“全权负责”建设西南国防。（见《陈布雷回忆录》）但是龙云“坦易”，蒋介石却不“坦易”，使龙云猝不及防，阴下毒手，以兵刃相迫，只好于十月四日下午在昆明登机飞渝，接受蒋介石强迫他接受的空头衔：“军事委员会军事参议院院长”。蒋介石一口把龙云吃了，但吃相毕竟难看，死了几百条人命，于是指责奉命办事的杜聿