哲学的目的就是人，人的幸福。笛卡尔对完成他的这一伟大事业矢志不渝，充满信心，决心只要一息尚存就将不遗余力，留给世人一套完整的哲学。笛卡尔的哲学欲兼容人类的全部知识。它不但包括形而上学(即我们说的哲学)，而且还包含物理学(即科学哲学)，及实验科学，例如：天文、地理、物理、化学、生物、生理、心理学等。视形而上学为根，物理学为干，由此干上生出三个分枝，即医学、机械学、伦理学。他认为哲学家不应该斤斤计较于形而上学或物理学的研究，而重心应当在医学、机械学及伦理学上多下功夫。所以一位哲学家，如果在医学、机械学、伦理学上有成就，才不枉为哲学家。笛卡尔深信，人能凭借哲学突破自然的约束，延长人的寿命抵达幸福的境界。虽然如此，树根还是很重要的、基本的，它是树存在之根本。没有根，树干与果子都不能够生存。形而上学对哲学的关系就是这种关系。所以必须先找寻出一种无可置疑的形而上原则，才可能有物理学，而后有医学、机械学与伦理学。笛卡尔认为，有史以来还不曾有哲学家知道这么做。虽然他们之中有不少才智出众之士，但若不是为了操之过急，失诸妄断，就是固步自封，执拗己见，结果总是一无所成。有的奉成见为圭臬；有的随波逐流，没有定见，似乎只要求赞成的人数，不管赞成的人是否门外汉，大众的意见就足够成为真理的条件；有的迷信权威，以某某人说过视为金科玉律，不得怀疑。所以目前的任务就是要赶快建立一个健全的、全新的哲学基础。这门令人羡慕的科学要消除中世纪的不确实的科学，使科学具有和数学一样的确实性。笛卡尔要把数学的确实性推广到一切科学中去，使得不仅几何学和代数是能够统一的，而且一切科学都能够统一。这就要设计出一个使各门科学统一起来的方法，为整个哲学体系寻找一个确实的基础。

    从1619年11月开始，笛卡尔就以数学为借鉴，设计他的方法论规则，并利用这些规则去研究各种科学问题。他说：“我还继续练习运用我所规划的那种方法，因为我除了按照这些规则小心地对我的一切思想作普遍的引导外，还不时留下一点时间，特别用来解决数学上的一些难题，有时也用来解决一些别的科学上的难题，我可以把问题弄得几乎和数学问题一模一样，使它们脱离其它科学中一切我发现不够坚实的原理。”经过9年的实验和总结，笛卡尔写成了《指导心灵的规则》一书，基本上体现了笛卡尔的方法论思想，该书和后来的著作《方法导论》在内容上基本上是一致的。他的方法使人们“能够得到一些能在生活中非常有用的知识，找到代替学校中讲授的思辨哲学的实践哲学，借助这种哲学，我们就能通晓火、水、空气、星晨、天空和周围一切物体的力量和作用，正像我们知道我们的手工业者有多少行业那样清楚，我们就能够准确地把它们作各种各样的应用，从而成为自然的主人和拥有者”。因而笛卡尔的方法能够成为指导科学前进的航标。1928年11月，在巴黎罗马教皇特使的住所举行了一次会议，各界名流都前往参加，笛卡尔也应邀参加了会议并发表了演讲。他用严密的论证驳斥了科学可以建立在或然性上的观点，指出科学只能建立在确实性的基础上。他认为，根据他的方法原则，任何真理都能够被清楚地证明。他的方法能使人们看到提出来的那个命题是不是或然的，因为用这个方法人们就能得到和代数的规则所提供的同样的知识和确实性。笛卡尔的思想得到大多数人的赞同和支持，尤其是红衣教主贝律尔对之更加感兴趣，并敦促笛卡尔去从事这一伟大的工作——发展他的哲学体系。

    建立哲学体系，是笛卡尔多年的愿望，而贝律尔的支持和敦促加强了笛卡尔实现这一愿望的决心。笛卡尔回忆道：“正是在8年前(即1628年)，这个愿望使我决心离开一切可能有熟人的地