主义体系需要的方法，理应适合自身体系的根本要求，即精神、思想、观念是第一性的。但是笛卡尔在他的形而上学领域和他所认为的普遍科学——数学领域内都是从既有的事实出发，根据当时已有的条件，按照“存在于事物本身的秩序”，或者按照“我们凭借思维巧妙铸造的秩序”，探求真理并取得出色的成就。在哲学领域内，他也以同样的方式探求出不仅仅是个别真理，而是达到真正符合上述两种秩序的普遍真理，我们应特别重视他在认识论和方法论方面辩证法运用的实例。

    强调科学之间密切联系是笛卡尔一贯的思想。这就是说，不可以把我们考察的对象，包括自然科学各门对象，割裂开来逐一研究，而应该看到一切科学彼此密切联系，“把它们统统完整地学到手，比把它们互相割裂开来更为方便得多”。“因此，谁要是决心认真探求事物真理，他就必须不选择某一特殊科学：因为事物都是互相联系、彼此依存的。”笛卡尔在晚年的一封信中，回顾他学习和研究人生时说：“几何学家达到最困难证明时使用的那些简单容易的推理系列，当时已使我想象：人类认识的一切对象都是这样互相依存的，只要我们力求避免作出错误的推断，遵守一事物至另一事物前后相继的秩序，那就没有什么东西远不可及，也没有什么东西隐而不露，不为我们发现。”

    笛卡尔与当时的以及以后的一切哲学革新家一样，要求砸烂已经陈腐的使人窒息的法则桎梏，使我们的睿智从任何成见定规中解放出来，只依从理性光芒的指引去探求事物的真理。理性的光芒不是指向早已作古的先哲，而是指向现时的权威，首先指向那些发展古人遗训中反动方面并且使之成为僵死教条、甚至成为可以使人肉体消灭的刑律的经院哲学。为此，笛卡尔决心彻底地对一切知识，做一次地地道道的怀疑。但是笛卡尔的怀疑应该说是纯理论与方法的怀疑，和怀疑派的怀疑观显然有很大的出入：前者是出于对真理的信心，而后者则是对真理失望所致。笛卡尔怀疑“是谋求保证我自己，抛弃流动的泥沙，寻找岩石与粘土”。